1、土地承包经营权通过登记予以保护。登记机构向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证并登记造册，确认土地承包经营权，凭证在合同约定的期限内占有农村土地，自主开展农业生产经营并取得收益。
2、法律依据：《中华人民共和国民法典》
第三百三十一条，土地承包经营权人依法对其承包经营的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的权利，有权从事种植业、林业、畜牧业等农业生产。
第三百三十三条，土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立。登记机构应当向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。
第三百三十五条，土地承包经营权互换、转让的，当事人可以向登记机构申请登记;未经登记，不得对抗善意第三人。
1、土地承包经营权人依法对其承包经营的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的权利，有权从事种植业、林业、畜牧业等农业生产。
2、土地承包经营权中的各项权利为法定权利，不得随意变更。而合同权利依双方当事人约定，难以避免因发包人违反合同等行为对土地承包经营权造成侵害。
3、土地承包经营权作为用益物权，期限较长.比较稳定。而合同的期限一般较短也容易发生变化。
4、承包人作为用益物权人，可以对抗发包人的侵害，土地承包经营权不能被任意剥夺，承包地被违法收回后，可以要求返还。
5、承包人可以以用益物权人的地位直接对抗第三人的侵害，包括政府的违法干预。
6、承包人依用益物权享有自主将土地承包经营权流转的权利基础，任何人不得强迫或者阻碍。
7、在征地补偿时，承包人可以作为独立的权利主体，土地承包经营权可以作为独立的财产权利获得相应的补偿，而不是仅作为合同一方当事人被忽视。
土地承包经营权的内容及其承包方式。承包人享有对耕地、林地等进行农业生产的权利，并能通过转包、互换、转让等方式流转土地承包经营权。农村土地承包采取家庭承包方式，每个集体经济组织成员平等享有承包权利，以户为单位签订承包合同并承担义务。针对当前农村土地流转
换地合同的法律效力问题。合同有效性取决于是否违反国家土地管理法律规定。农村土地承包法规定，承包方可以互换同一集体经济组织的土地承包经营权。同时，合同法规定了合同无效的情形。换地合同需注意符合法律要求，避免欺诈、胁迫等手段订立合同，并需经发包方同意。
行政诉讼的受案范围，包括行政处罚、行政强制措施和行政强制执行、行政许可决定、自然资源所有权或使用权决定、征收征用及其补偿决定、行政机关未履行法定职责、侵犯经营自主权或农村土地承包经营权、滥用行政权力排除或限制竞争以及违法集资摊派费用或违法要求履行其他
农村耕地互换合法性相关问题。根据《农村土地承包经营权流转管理办法》，同一集体经济组织的土地承包经营权可以互换，且只要双方同意且不损害他人利益即为有效。互换未备案不影响合同效力，备案仅为公示。互换后用途需符合法律，若仍用于农业目的则合同有效。互换合同解
