1、土地承包经营权通过登记予以保护。登记机构向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证并登记造册，确认土地承包经营权，凭证在合同约定的期限内占有农村土地，自主开展农业生产经营并取得收益。
2、法律依据：《中华人民共和国民法典》
第三百三十一条，土地承包经营权人依法对其承包经营的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的权利，有权从事种植业、林业、畜牧业等农业生产。
第三百三十三条，土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立。登记机构应当向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。
第三百三十五条，土地承包经营权互换、转让的，当事人可以向登记机构申请登记;未经登记，不得对抗善意第三人。
1、土地承包经营权人依法对其承包经营的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的权利，有权从事种植业、林业、畜牧业等农业生产。
2、土地承包经营权中的各项权利为法定权利，不得随意变更。而合同权利依双方当事人约定，难以避免因发包人违反合同等行为对土地承包经营权造成侵害。
3、土地承包经营权作为用益物权，期限较长.比较稳定。而合同的期限一般较短也容易发生变化。
4、承包人作为用益物权人，可以对抗发包人的侵害，土地承包经营权不能被任意剥夺，承包地被违法收回后，可以要求返还。
5、承包人可以以用益物权人的地位直接对抗第三人的侵害，包括政府的违法干预。
6、承包人依用益物权享有自主将土地承包经营权流转的权利基础，任何人不得强迫或者阻碍。
7、在征地补偿时，承包人可以作为独立的权利主体，土地承包经营权可以作为独立的财产权利获得相应的补偿，而不是仅作为合同一方当事人被忽视。
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