一、投资主体不同:
个人独资企业:指有一个投资主体并且是个人出资,按照有关规定在工商行政部门登记注册开办的企业,
合资企业:指有两个或两个以上的投资主体共同出资,按照有关规定在工商行政部门登记注册开办的企业.
二、年度审计报告不同
个人独资企业每年都要出审计报告，而合资企业不用出审计报告。
三、帐务处理不同：
1.资产负责表中表示所有者权益类科目的资本金不同：
在个人独资企业中资本金明细有一个,是一个姓名
在合资企业中资本金明细有两个或两个以上,国家、集体、个人(一个或一个以上人)姓名
2.资产负责表中表示资产的会计科目—-投资--明细不同
在个人独资企业中投资明细有一个，是个人姓名
在合资企业中投资明细有两个或两个以上，是国家、集体、个人(一个或一个以上人)姓名
3.利润分配形式不同，计算投资者分得的利润额不同.
个人独资企业中投资者分得的利润额按正常计算
合资企业中投资者分得到的利润额是按出资比例计算，即按投资者的出资额在总投资额中所占份额进行分配.
四、利润分配形式不同:
个人独资企业是投资者个人自主经营,自负盈亏.
合资企业投资者(两个或两个以上的人)共同经营,按出资比例，分享成果，共担风险.
五、经营方式不同:
个人独资企业:是一个人投资独立经营;
合资企业是两个或两个以上的投资主体合作经营.
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