合伙合同纠纷和合伙协议纠纷虽然都是合伙过程中一方不履行义务而引发的纠纷，但它们在法律上存在一些区别。具体而言，合同和协议的区别如下：
1. 法律效力：在法律上，合同比协议更具有说服力。合同通常会更加清晰明确，并涉及违约责任。即使名称上写着协议，其实质也属于合同。协议的内容通常较为简略，即使名称上写着合同，也不能将其视作合同，而应视作协议。协议是签订合同的前提，合同是协议的具体化。
处理合伙协议纠纷案件时，可以采取以下方法：
如果合伙人之间的权利义务关系明确，各合伙人承担债务的份额容易确定，并且合伙人之间的争议不大，可以在审理个人合伙对外债务案件时，一并确定各合伙方应承担债务的份额。但在裁判文书中应明确各合伙人之间承担的是连带责任。如果合伙人之间对债务分担方式存在较大争议，将合伙组织对外债务与合伙内部债务纠纷一并处理可能不利于案件及时审理，因此可以分开审理。
如果某个合伙人或部分合伙人偿还了超过其应承担份额的合伙债务，并在向其他未承担合伙债务的合伙人行使追偿权时，其他合伙人均应列为诉讼当事人。
在合伙经营期间，对帐目的核实应遵循“谁主张，谁举证”的原则。由提出主张的一方当事人举证，并在受理案件前尽可能要求当事人进行清算。核实合伙帐目的方式可以采取以下方法：
(1) 在审判人员的主持下，各方当事人逐一审核所提供的帐目单据。
(2) 法院委托审计部门对当事人提供的帐目单据进行审核。
(3) 当事人自行委托审计机关对帐目进行审核。
法院应对当事人或审计机关对帐目的审核结果进行审查。如果当事人对审核结果无异议，可予认定；对审核结果有异议但未提供相反证据的，不支持其异议。
综上所述，合伙合同纠纷和合伙协议纠纷都是合伙过程中一方不履行义务而引发的纠纷。然而，合同与协议在法律上存在一些区别，合同具有更强的说服力。因此，在处理此类纠纷时，需要结合实际情况，以保障自身权益。
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