根据《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》(国家税务总局公告[2011]第13号)，如果贵司采取企业重组的方式收购兄弟公司的天津分公司，即将其资产、负债和劳动力整体转让给贵司，并将分公司注销，那么在资产重组过程中涉及的货物转让不征收增值税。
从企业所得税的角度来看，如果天津分公司的资产不低于新疆兄弟公司全部资产的75%，那么该收购可以适用59号文规定的特殊性税务处理。但如果无法达到75%的比例要求，就需要按照市场公允价值对转让资产所得计征企业所得税。
另一种方式是，新疆兄弟公司将天津分公司的资产逐项转让给贵司。在这种情况下，贵司需要对分公司的债权和债务进行清理，并将分公司的单项资产（包括固定资产和存货）转让给贵司，同时与分公司的劳动人员签订雇佣合同，然后将分公司注销。
如果分公司可以开具增值税专用发票，贵司可以凭借取得的增值税专用发票进行进项抵扣，从而避免额外的增值税负担。此外，关联方之间转让资产的价格应按照评估的市场公允价值确定。对于盈利性资产（如土地和建筑物），应按照公允价值进行转让；对于亏损性资产（如固定资产），如果评估价格低于净值，税务风险也较小。
根据我们的建议，如果转让的资产不涉及增值额较大的土地和建筑物，那么无需申请特殊性重组税收待遇，而可以采用逐项转让方式进行操作，这种方式更直接、更简单。
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