网上银行的电子支付是在无纸化环境下进行的，必须从技术上确保数据传输的安全，以保证交易数据不被窃取篡改。然而，信息数字化后数据传输过程中可能存在信息丢失、重复、错序、篡改等安全性问题，引发了人们对网络技术安全性的质疑。
网上支付的工作环境基于一个开放的系统平台，交易双方的身份置于虚拟世界中，这无疑增加了电子支付的风险。在虚拟世界中，存在着身份伪造、支付欺诈等风险，需要采取措施来防止虚拟交易中的风险。
网上支付使用的是最先进的通信手段，对软硬件设施的要求很高。然而，技术软件的不成熟为黑客等不法分子提供了可乘之机。因此，研制出一套无懈可击的互联网支付系统成为制约电子商务发展的瓶颈。
网上支付是交易双方实现各自交易目的的重要一步，也是电子商务发展的基础条件。然而，网上支付的风险并不仅限于消费者购物支付过程中的问题，还包括纠纷出现后银行或其他发行机构的责任问题以及网上支付工具资金划拨系统等问题。因此，明确参与主体间的法律关系才能更好地解决纠纷，进而预防纠纷。
互联网支付系统能够使用数字签名和数字证书等技术对网上商务各方的身份进行认证，以防止支付欺诈。通过认证机构或注册机构向参与各方发放数字证书，以证实其身份的合法性。
互联网支付系统可以采用单密钥体制或双密钥体制进行信息的加密和解密，采用数字信封、数字签名等技术加强数据传输的保密性与完整性，防止未被授权的第三者获取信息的真正含义。
为了保护数据不被未授权者建立、嵌入、删除、篡改、重放等，完整无缺地到达接收者一方，互联网支付系统可以采用数据杂凑技术，使用数字摘要算法确认支付电子信息的真伪。
当网上交易双方出现纠纷，特别是有关支付结算的纠纷时，互联网支付系统能够保证对相关行为或业务的不可否认性。通过使用数字签名等技术，在交易过程中生成或提供足够充分的证据来迅速辨别纠纷中的是非。
互联网支付系统可以处理涉及客户、商家和银行等多方的网络贸易业务的支付结算问题。购货信息与支付指令信息必须连接在一起，但商家不能读取客户的支付指令，银行不能读取商家的购货信息。互联网支付系统可以借用诸如双重数字签名等技术来实现多边支付的安全性。
互联网支付的手续和过程并不复杂，因此支付效率很高。
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