合并协议应包括以下主要条款：
合并协议是导致公司资产重新配置的重大法律行为，直接关系股东权益。因此，公司合并的决定权在股东(大)会，而不在董事会。参与合并的各公司必须经各自的股东(大)会以特别决议所需的多数赞成票通过合并协议。
根据我国公司法规定，有限责任公司、国有独资公司和股份有限公司在合并时都需要股东(大)会特别决议的通过。有限责任公司股东会的决议必须经代表表决权的股东通过；国有独资公司的合并应由国家授权投资的机构或国家授权的部门决定；股份有限公司股东大会对公司合并作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权的通过。
合并后，必须编制合并后公司的资产负债表和财产清单。这是为了清晰地了解合并后公司的资产和债务情况，确保合并后公司的财务状况真实准确。
根据我国公司法规定，参与合并的公司必须通知债权人，并通过公告的方式公示合并事项。公司合并时，如果未清偿债务或提供相应担保，将无法进行合并。
根据我国公司法规定，股份有限公司的合并必须经国务院授权的部门或省级人民政府批准。主管机关的批准是股份有限公司合并的必要程序。
合并后，如果公司登记事项发生变更，必须按照法律规定向公司登记机关办理变更登记手续。被吸收公司应根据解散情况向公司登记机关办理注销登记。
公司合并是指根据公司法规定的条件和程序，通过订立合并协议，将两个或两个以上的公司共同组成一个公司的法律行为。公司合并可分为吸收合并和新设合并两种形式。
吸收合并，也称为存续合并，是指通过将一个或一个以上的公司并入另一个公司的方式进行合并的法律行为。被并入的公司解散，其法人资格消失。接受合并的公司继续存在，并办理变更登记手续。
新设合并是指两个或两个以上的公司以消灭各自的法人资格为前提，合并组成一个新的公司的法律行为。在新设合并中，原有公司的法人资格都将被消灭，而新组建的公司将获得法人资格。
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