当在民事诉讼中，对方以超过诉讼时效进行抗辩时，当事人可以采取以下措施来处理：
当事人可以收集与诉讼时效中断、中止等相关的证据，以证明对方的抗辩是不合法的。
根据《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。如果法律有其他规定，应依照其规定执行。
诉讼时效期间的计算起点是自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起。如果法律有其他规定，应依照其规定执行。但是，如果超过二十年自权利受到损害之日起，人民法院将不予保护。特殊情况下，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。
根据《中华人民共和国民法总则》第一百九十五条的规定，以下情形之一发生时，将导致诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间将重新计算：
金融债权转让后诉讼时效的计算方式。债务人需被通知债权转让事项，债权转让不影响诉讼时效。我国法律规定的债权诉讼时效为二年，超过二十年则不予保护。诉讼时效过期不意味着债权丧失，当事人可自愿履行债务。特殊情况可延长诉讼时效。
我国民法总则规定的可以导致诉讼时效中断的情形，包括权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务以及权利人提起诉讼等。同时，文章还详细解释了合同纠纷中不同情况下诉讼时效的起算，如合同未约定履行期限、分期履行的合同、保证债务以及合同无效等情况的诉讼时效
不安抗辩权在诉讼时效中的作用。根据最高法院的规定，不安抗辩权具有与提起诉讼同等的诉讼时效中断效力。在双务合同中，当一方有确切证据证明对方无法履行合同义务时，可以行使不安抗辩权，暂时中止履行合同，从而保护自身合法权益。行使不安抗辩权可以中断诉讼时效，为
信用卡透支后的诉讼时效认定方法。根据《中华人民共和国民法通则》的相关法律规定，信用卡透支后的诉讼时效为还款日期第二天起两年。特殊情况如身体受伤等则诉讼时效为一年。诉讼时效可因各种原因延长或中断，但超过二十年则法院不予保护。同时，当事人自愿履行不受诉讼
