当在民事诉讼中，对方以超过诉讼时效进行抗辩时，当事人可以采取以下措施来处理：
当事人可以收集与诉讼时效中断、中止等相关的证据，以证明对方的抗辩是不合法的。
根据《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。如果法律有其他规定，应依照其规定执行。
诉讼时效期间的计算起点是自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起。如果法律有其他规定，应依照其规定执行。但是，如果超过二十年自权利受到损害之日起，人民法院将不予保护。特殊情况下，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。
根据《中华人民共和国民法总则》第一百九十五条的规定，以下情形之一发生时，将导致诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间将重新计算：
保证人追偿权的诉讼时效及条件。担保人承担担保责任后才有追偿权，且必须在诉讼时效期间内行使。担保人承担担保责任时主观上不能有过错，否则不能向主债务人追偿。如果保证人在可以主张诉讼时效抗辩权而没有主张时清偿了债务，则不能再向债务人追偿。具体问题应咨询专业
如何追回已过诉讼时效的工程款问题。介绍了中断诉讼时效的方法，如书面发函、投诉相关部门、签订补充协议或还款协议等。同时，也提供了恢复诉讼时效的方法，如录音催讨法、银行转账法、协商对账法以及故意主张法等。此外，文章还提及了工程欠款的诉讼时效期限为三年，以
我国民法总则关于诉讼时效中断的规定。中断情形包括权利人提起诉讼、要求履行义务等。中断和中止的区别在于发生时间、法定事由和法律后果等方面。中断可发生在任何阶段，法定事由是当事人主观意志可决定的事实；而中止只能在最后6个月发生，事由是当事人无法左右的事实
在特定情境下中断诉讼时效的行为和哪些情形不适用诉讼时效。中断诉讼时效的行为包括权利人提起诉讼或申请仲裁、权利人向义务人提出履行请求等。而不适用诉讼时效的情形则包括人身权的请求权、财产性支配权、抗辩权等。此外，存款本息的请求权和对国家和金融机构信赖购买
