一、现行职能管辖立法规定及其缺陷
修订后的刑事诉讼法在职能管辖问题上作了一定的调整，突出了检察机关在查处国家(机关)工作人员职务犯罪的重点，但是，由于主体身份细分以及犯罪事实多样化、复杂化，由此带来的职能管辖异议也更加突出，在某些具体罪名的分工上，甚至还没有原有规定容易区分。现行职能管辖立法存在的主要缺陷包括:
第一，《刑事诉讼法》与其它法律规定的不一致。如《刑事诉讼法》第18条第二款将“国家工作人员的渎职犯罪”确定为检察机关管辖，而《刑法》第九章所规定的渎职罪仅限于国家机关工作人员，即渎职罪的主体范围，刑事诉讼法规定的宽，刑法规定的窄。《刑事诉讼法》确定的国家工作人员渎职犯罪既包括《刑法》第九章中国家机关工作人员渎职罪，也包括《刑法》其他章节中国家机关工作人员以外的国家工作人员渎职罪，如《刑法》第165条非法经营同类营业罪，第166条为亲友非法牟利罪，第167条签订、履行合同失职被骗罪等。按理，当刑事诉讼法与刑法在渎职罪的主体上不一致时，也应当按刑事诉讼法来确定管辖。但是“六部门联合规定”第2条却规定:“刑事诉讼法规定人民检察院管辖\'国家工作人员的渎职犯罪\'案件，修订后的刑法已将渎职罪的主体修改为国家机关工作人员。根据这一修改，人民检察院管辖的\'渎职犯罪\'是指刑法分则第九章规定的渎职罪??刑法分则第三章破坏社会主义市场经济秩序罪中规定的犯罪由公安机关管辖。”由此可见，“六部门联合规定”是以《刑法》来修改《刑事诉讼法》，按《刑法》的规定来划分管辖的，其科学性值得研究。
还有，现行《刑事诉讼法》第18条规定了检察机关管辖的自然人犯罪，但并未对单位犯罪的职能管辖作出特别的规定，因为《刑事诉讼法》先于《刑法》修订，而单位犯罪是1997年《刑法》新增加的一个规定，这样，造成我国现行《刑法》贪污贿赂罪中的五种单位犯罪———单位受贿罪、对单位行贿罪、单位行贿罪、集体私分国有资产罪和集体私分罚没款物罪的管辖不明。
此外，根据《刑法》第98条规定，告诉才处理的案件，如果被害人受强制、威吓无法告诉的，人民检察院和被害人的近亲属也可以告诉。但是，在《刑事诉讼法》及“两院”的诉讼规则中，则均没有人民检察院代为告诉的规定。《刑事诉讼法》还有关于“反革命案件”的规定，而《刑法》已没有此罪名了。
第二，《刑事诉讼法》内部条文间的矛盾。主要表现在:
刑事诉讼中的级别管辖问题。各级人民法院在审判第一审刑事案件时，其权限分工有明确规定。基层法院管辖普通刑事案件，中级法院管辖反革命案件等可能判处无期徒刑、死刑的案件及外国人犯罪的案件。高级法院和最高法院分别管辖重大刑事案件。司法实践中，检察院公诉案件可
刑事诉讼中地域管辖的问题及其解决方案。首先指出了上级检察院指定下级检察院审查起诉案件存在的问题，包括指定管辖与法律规定不明确、违背地域管辖规定等。接着分析了上级人民法院将下级人民检察向下级人民法院提起公诉的案件指定另一下级法院审判的问题，如剥夺了上级
人民法院对刑事案件的直接受理条件及范围。自诉案件由法院直接受理，包括告诉才处理的案件，如侮辱、诽谤等情形，以及被害人有证据证明的轻微刑事案件和公安机关或检察院不予追究的刑事案件。此外，人民检察院有立案侦查权限的特定刑事案件，如贪污贿赂、渎职犯罪等。
诉讼理论上的管辖分类。包括法定管辖与裁定管辖、专属管辖与协议管辖以及共同管辖与合并管辖等三类。文章详细阐述了各类管辖的定义、特点及其在具体法律条文中的应用。同时，强调了民事诉讼、行政诉讼和刑事诉讼中管辖的区别和联系，以及职能管辖在刑事诉讼中的特殊作用
