一、现行职能管辖立法规定及其缺陷
修订后的刑事诉讼法在职能管辖问题上作了一定的调整，突出了检察机关在查处国家(机关)工作人员职务犯罪的重点，但是，由于主体身份细分以及犯罪事实多样化、复杂化，由此带来的职能管辖异议也更加突出，在某些具体罪名的分工上，甚至还没有原有规定容易区分。现行职能管辖立法存在的主要缺陷包括:
第一，《刑事诉讼法》与其它法律规定的不一致。如《刑事诉讼法》第18条第二款将“国家工作人员的渎职犯罪”确定为检察机关管辖，而《刑法》第九章所规定的渎职罪仅限于国家机关工作人员，即渎职罪的主体范围，刑事诉讼法规定的宽，刑法规定的窄。《刑事诉讼法》确定的国家工作人员渎职犯罪既包括《刑法》第九章中国家机关工作人员渎职罪，也包括《刑法》其他章节中国家机关工作人员以外的国家工作人员渎职罪，如《刑法》第165条非法经营同类营业罪，第166条为亲友非法牟利罪，第167条签订、履行合同失职被骗罪等。按理，当刑事诉讼法与刑法在渎职罪的主体上不一致时，也应当按刑事诉讼法来确定管辖。但是“六部门联合规定”第2条却规定:“刑事诉讼法规定人民检察院管辖\'国家工作人员的渎职犯罪\'案件，修订后的刑法已将渎职罪的主体修改为国家机关工作人员。根据这一修改，人民检察院管辖的\'渎职犯罪\'是指刑法分则第九章规定的渎职罪??刑法分则第三章破坏社会主义市场经济秩序罪中规定的犯罪由公安机关管辖。”由此可见，“六部门联合规定”是以《刑法》来修改《刑事诉讼法》，按《刑法》的规定来划分管辖的，其科学性值得研究。
还有，现行《刑事诉讼法》第18条规定了检察机关管辖的自然人犯罪，但并未对单位犯罪的职能管辖作出特别的规定，因为《刑事诉讼法》先于《刑法》修订，而单位犯罪是1997年《刑法》新增加的一个规定，这样，造成我国现行《刑法》贪污贿赂罪中的五种单位犯罪———单位受贿罪、对单位行贿罪、单位行贿罪、集体私分国有资产罪和集体私分罚没款物罪的管辖不明。
此外，根据《刑法》第98条规定，告诉才处理的案件，如果被害人受强制、威吓无法告诉的，人民检察院和被害人的近亲属也可以告诉。但是，在《刑事诉讼法》及“两院”的诉讼规则中，则均没有人民检察院代为告诉的规定。《刑事诉讼法》还有关于“反革命案件”的规定，而《刑法》已没有此罪名了。
第二，《刑事诉讼法》内部条文间的矛盾。主要表现在:
管辖在法律上的分类及其在运用中的分类。法律上的分类包括民事诉讼法、行政诉讼中的管辖和刑事诉讼中的管辖。运用中的分类则包括法定管辖和裁定管辖、专属管辖和协议管辖。文章详细解释了各类管辖的定义、特点及其在法律实践中的应用。
民事诉讼与刑事诉讼在调解、案件管辖、地域管辖、管辖权转移、审判组织人数、回避申请以及公开审理等方面的不同之处。民事诉讼中注重调解，而刑事诉讼则有一定的限制；在案件管辖方面，两者也存在较大差异；在地域管辖上，民事诉讼以被告所在地为主，刑事诉讼则以犯罪地
刑事诉讼中的指定管辖权问题。当案件管辖不明或某法院不宜行使审判权时，上级法院可以指定下级法院审判或移送其他法院。分为两种情况：一是管辖不明导致互争或推诿时，应在规定审限内协商解决并报请上级法院指定管辖；二是当出现不宜行使审判权的情况时，上级法院应直接
刑事申诉的时间限制问题。刑事诉讼规定中，刑事申诉没有明确规定时间限制，只要案件在人民检察院管辖范围内，都必须受理。而民事诉讼中的再审申请有两年时间限制。刑事申诉的时间限制相对宽松，但仍建议申诉人在合理时间内提出申诉，以确保案件得到及时审理和公正处理。
