(一)双方当事人提出不同鉴定方式时出现法律空白
我国法律并没有规定当医患双方就同一纠纷提出不同鉴定方式时该如何处理，而出于不同的诉讼请求，医方和患方往往会选择不同的鉴定方式，这不仅给患者及其家属带来了麻烦，同时也给法官出了一些难题。这时法院面临的情形可能有下面几种：第一，决定只做医疗事故鉴定；第二，只做医疗过错鉴定；第三，两种鉴定同时进行；第四，先做医疗事故鉴定，如果不是医疗事故再做医疗过错鉴定。而无论法院作出哪一种决定，都可能会让未被法院认同的鉴定申请一方对将来的鉴定结论产生心理上的不信任或者不服从。
(二)现行“双轨制”导致赔偿“二元化”结构
在诉讼中，如果当事人选择了医疗事故技术鉴定方式，那么赔偿标准则应按照《医疗事故处理条例》赔偿；；如果当事人选择的是司法过错鉴定方式，则赔偿标准就应该按照最高院的《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的标准赔偿。两者的赔偿标准不同，计算方法差距很大，于是，同一医疗纠纷却得到不同的赔偿数额，导致赔偿“二元化”结构。
(三)存在着公信度问题，有“自我鉴定”之嫌疑
医学会实际上是一个官方色彩很浓的学术组织，是在政府指导下开展工作的。通常情况下，医学会的成员也就是医疗机构的医务人员，医学专家库的成员常常具有双重身份，导致实质上是“自我鉴定”的模式，其公信力较差，也正因如此，司法过错鉴定制度才应运而生。此外，专家鉴定组对鉴定结论实行集体负责制，而集体负责制的根本问题就是无法追究个人的责任，也就出现了在法律上可以追究责任而在实际上并不能追究任何鉴定人的责任的现实状况。
医疗事故纠纷及其鉴定程序。医疗纠纷源于诊断和治疗过程中的争议，需通过司法鉴定或医疗事故技术鉴定确定医方是否有过错。精神损害抚慰金在医疗纠纷中常被支持。医院误诊与医疗事故需依法申请鉴定，由医学会组织专家进行。如当事人对鉴定结果不满，可提出再次鉴定申请。
不属于医疗事故的情形及处理办法。包括紧急措施造成不良后果、医疗意外、无过错输血感染、患方原因延误诊疗、试验性诊疗及不可抗力等因素导致的情形不属于医疗事故。对于不属于医疗事故的医疗纠纷，医疗机构不承担赔偿责任，但医院仍可能因其他原因承担赔偿责任。患者及
医疗过错参与度的评定方法，包括没有全国统一的标准下如何鉴定医疗损害结果与医疗过错行为之间的因果关系等专门性问题。医疗过错参与度被划分为完全责任、主要责任、次要责任和轻微责任四种，根据不同的责任程度，对当事人的权利影响不同。
医疗侵权责任中的追偿权问题。依据《侵权责任法》，因药品、消毒药剂、医疗器械的缺陷造成医疗事故，医疗机构需承担赔偿责任并有权向责任人追偿。此外，《中华人民共和国民法典》规定，医疗机构赔偿后，还可以向药品上市许可持有人、生产者等责任主体追偿。追偿权的范围
