运输合同是承适人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。
在铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同发生的纠纷，不同于一般的合同纠纷，即包括一方不履行合同发生的纠纷，如无故拖延运输期限，又包括在运输过程或者到达目的地时，托运的物品被损坏、丢失，或者对运输工具、设备造成损害，以及旅客人身遭受损害所发生的赔偿纠纷。因此，与《民事诉讼法》第24条和25条规定的合同纠纷。这类合同纠纷，可能发生在运输合同始发地、中转地、也可能发生在运输到达地。当事人因为上述运输合同发生纠纷，经过双方协商，可以自行解决，也可以向仲裁机构申请仲裁。如果提起诉讼，根据我国《民事诉讼法》第28条规定，“因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。”
货物运输中产生纠纷其中不仅牵涉货物运输法，还往往涉及代理法、合同法等诸多法律。
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。这是最佳的方式。
但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。仲裁是一种重要的纠纷解决手段。
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，则通过法院进行诉讼是解决纠纷最终的途径。运输合同纠纷可以按照我国的诉讼程序，由一方或双方向有管辖权的法院起诉，然后由法院根据适用法律和事实进行审理，最后作出判决。
仲裁协议的有效性及其限制条件，包括形式要件、仲裁范围、行为能力、自愿原则以及明确约定等方面。其中，形式要件要求仲裁协议必须书面订立；仲裁范围需符合法律对仲裁事项的规定；行为能力方面，当事人必须具备完全行为能力；自愿原则要求双方平等协商基础上的真实意思
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