根据本条规定，生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子只有在造成生产遭受较大损失的情况下，才构成本罪。如果没有造成生产遭受较大损失，就不构成本罪。此外，即使没有造成生产遭受较大损失，但销售金额在五万元以上的，也应根据生产、销售伪劣产品罪的规定进行定罪处罚。
1、侵犯的客体不同。本罪侵犯了国家对农用生产资料的监督管理制度和农业生产；而后者则侵犯了国家产品质量监督管理制度和消费者的合法权益。
2、犯罪对象不同。本罪的犯罪对象是农药、兽药、化肥、种子；而后者犯罪对象的范围很广泛。
3、构成犯罪的标准不同。本罪的犯罪构成要求造成生产遭受较大损失，才构成本罪。而后者则是数额犯，其犯罪构成要求是销售金额在五万元以上。
根据本节第149条的规定，生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，如果不构成本罪，但销售金额在五万元以上的，应根据生产、销售伪劣产品罪的规定进行处罚。如果生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子既构成生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子罪，又构成生产、销售伪劣产品罪的情况下，应根据处罚较重的规定进行处罚。
在认定本罪时，需要注意与破坏生产经营罪的区别。主要区别如下：
1、犯罪目的不同。本罪一般是出于非法牟利的目的，而后者是出于泄愤报复或其他个人目的。
2、行为与结果之间的关联不同。本罪的行为是生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子并造成生产遭受较大损失。行为与结果之间并非直接相连，而是通过消费者购买并使用了所生产、销售的农药、兽药、化肥、种子后才发生危害结果。生产、销售的行为与危害结果之间存在一段相当长的时间延迟。而后者则是采用直接方法破坏生产经营，如毁坏机器设备、残害耕畜等。行为与危害结果之间直接相连，没有被害人从中介人这一因素。
3、侵害对象不同。本罪侵害了国家有关农药、兽药、化肥、种子等农用生产资料质量的管理制度和农业生产，对象具有不特定性。而后者侵害的对象是某一单位的生产经营，对象具有特定性。
4、主体不同。本罪的主体不仅限于自然人，还包括单位。而后者的主体只有自然人才能构成。
根据本条的规定，犯本罪的情节不同，承担的刑事责任也不同：
1、生产假农药、假兽药、假化肥，销售明知是假的或者失去使用效能的农药、兽药、化肥、种子，或者生产者、销售者以不合格的农药、兽药、化肥、种子冒充合格的农药、兽药、化肥、种子，并造成生产遭受较大损失的，将被判处三年以下有期徒刑或者拘役，并处销售金额百分之五十以上二倍以下的罚金。
2、造成生产遭受重大损失的，将被判处三年以上七年以下有期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下的罚金。
3、造成生产遭受特别重大损失的，将被判处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下的罚金或者没收财产。
4、单位犯本罪的，将被判处罚金，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员根据土述规定追究刑事责任。
根据刑法第147条与第150条的规定，犯本罪的将被判处3年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处销售金额50%以上2倍以下的罚金。如果造成生产遭受重大损失的，将被判处3年以上7年以下有期徒刑，并处销售金额50%以上2倍以下的罚金。如果造成生产遭受特别重大损失的，将被判处7年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处销售金额50%以上2倍以下的罚金或者没收财产。
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