1、股权转让纠纷的处理方法如下： 协商处理； 协商不成的，可以申请调解； 向人民法院提起诉讼。
2、法律依据：《公司法》第七十一条规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权；股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让；经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权；公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
1、有限责任公司股东对外转让股权的，应当向公司和其他股东告知拟受让人和拟转让价格条件，并征求其是否同意转让的意见。公司和其他股东应于30日予以答复，逾期未答复者视为同意转让；公司和其他股东再起诉请求撤销转让行为的，人民法院不予支持。
2、有限责任公司股东未足额出资即转让股权，公司或者其他股东请求转让人将转让股权价款用于补足出资的，人民法院应予支持，并且可以追加受让人为第三人参与诉讼。有限责任公司股东未足额出资即转让股权，受让人以转让标的存在瑕疵或者受到欺诈为由主张撤销合同的，人民法院不予支持，有法律规定的特殊情形除外。
3、名义股东未经实际出资人同意而将股权转让的，实际出资人按照约定请求名义股东赔偿其因股权转让而遭受的损失的，人民法院应予支持。
北京X电信技术有限公司与陈某等股权转让合同纠纷案。法院根据证券法规定，认为未经我国主管部门批准发行或以其他方式在境内流通的股票禁止在境内交易。因此，涉及转让非境内流通股票的部分股权转让协议和补充协议无效，且应停止履行。
股权转让纠纷中阴阳合同的认定。在股权转让过程中，股东应注意遵守公司法规定，股权转让涉及阴阳合同可能导致法律纠纷。阴阳合同旨在逃避税务，法院会根据双方行为、证据和真实意图认定。若存在阴阳合同，阳合同无效，以阴合同为准，签订阴阳合同可能构成合同欺诈并承担
股权转让协议的级别管辖问题，以及股权转让的条件。我国法律规定，股权转让协议可约定纠纷管辖法院，但必须符合级别管辖和专属管辖的规定。同时，股权转让需满足合法股东资格和合法转让程序等条件，特别是有限责任公司和合资企业的股权转让规定需注意。
股权转让协议纠纷的管辖问题。首先，根据双方约定确定管辖法院，若无约定则依照法律规定由被告住所地或股权转让合同履行地（目标公司注册地）法院管辖。其次，针对合同无约定的情况，解释根据最新民事诉讼法司法解释，根据争议标的的不同性质来确定管辖法院，并结合合同
