1、发生管辖权纠纷由上级法院指定管辖时，上级法院按以下情形确定：
(1)双方为同属一个地、市辖区的基层人民法院的，由该地、市的中级人民法院及时指定管辖;
(2)同属一个省、自治区、直辖市的两个人民法院的，由该省、自治区、直辖市的高级人民法院及时指定管辖;
(3)双方为跨省、自治区、直辖市的人民法院，高级人民法院协商不成的，由最高人民法院及时指定管辖。
2、法律依据：最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》的解释
依照前款规定报请上级人民法院指定管辖时，应当逐级进行。
1、指定管辖是指上级行政机关以决定的方式指定下一级行政机关对某一行政处罚行使管辖权。指定管辖实际上也是赋予行政机关在处罚管辖上一定的自由裁量权，以适应各种错综复杂的处罚情况。它对解决目前处罚管辖存在的重复管辖或者空白等问题很有意义。
2、上级机关指定一级机关对某一处罚行使管辖权，是一种具有法律效力的行政行为，具有行政行为一般特点，适用行政行为的一般规则，因此，指定应以书面方式进行。按行政行为的程序作出指定的决定。也就说，上级机关行使指定权时，要依法作出指定决定，制作指定决定书。否则，难以分清决定者与被指定者的责任，也使被指定者行使管辖权失去法定依据。
被告人对上级指定管辖的案件能否提出异议的问题。新疆某工程建设有限责任公司起诉十四师水利建管处后，又提出管辖权异议，但被法院裁定驳回。文章详细阐述了管辖权异议和指定管辖的概念及相关规定，并分析了本案是否构成管辖权异议申请或指定管辖申请。最后，文章强调了
下级法院是否有权移送案件给上级法院管辖的问题。根据相关法律规定，如果下级法院发现自己无管辖权，可以将案件移送给有管辖权的人民法院，包括上级法院。移送管辖实质上是案件移交，不是管辖权移交，需满足一定条件，如已受理案件、受理法院无管辖权、接受移送法院有管
管辖权转移的次数问题，指出没有具体规定次数。文章介绍了《民事诉讼法》第三十八条的相关规定，即上级法院有权审理下级法院管辖的民事案件，并阐述了移送管辖的适用条件及“不得再自行移送”的含义，以确保移送案件的法院对接受移送的法院有约束力，避免法院间推诿或争
确定级别管辖的依据及规定的重要性，包括案件性质、繁简程度、影响范围等因素。文章还提及管辖权异议的重要性，以及地域管辖和异议处理的法律依据。目前存在下级法院向上级法院请示报告等问题，规范级别管辖成为最高法院关注的问题。
