1、检察院直接受理侦查的共同犯罪案件，如果同案犯罪嫌疑人在逃的，按以下情形作出处理：
(1)但在案犯罪嫌疑人犯罪事实清楚，证据确实、充分的，对在案犯罪嫌疑人，分别移送起诉或者移送不起诉;
(2)由于同案犯罪嫌疑人在逃，在案犯罪嫌疑人的犯罪事实无法查清的，对在案犯罪嫌疑人应当根据案件的不同情况分别报请延长侦查羁押期限、变更强制措施或者解除强制措施。
2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第二百五十二条
共同犯罪分为一般共犯和特殊共犯即犯罪集团两种。一般共犯是指二人以上共同故意犯罪，而三人以上为共同实施犯罪而组成的较为固定的犯罪组织，是犯罪集团。组织、领导犯罪集团进行犯罪活动的，或者在共同犯罪中起主要作用的，是主犯。对组织、领导犯罪集团的首要分子，按照集团所犯的全部罪行处罚。
1、组织、领导犯罪集团进行犯罪活动的，或者在共同犯罪中起主要作用的，是主犯。
2、在共同犯罪中起次要作用或者辅助作用的，是从犯。
3、起主要作用，是指在共同犯罪中直接实施犯罪行为，而且其行为是犯罪结果发生的主要原因，或是事前拉拢、勾结他人，提起犯意，出谋划策的教唆犯。
起次要作用或辅助作用，是指：
(1)虽直接实施犯罪行为，但对整个犯罪的预谋、实施和完成，所起的作用不大;
(2)只为共同犯罪的实施创造便利条件、提供帮助。如提供犯罪工具、指示犯罪目标、排除犯罪障碍、看风、转移赃物等。
4、应当根据各被告人在共同犯罪中所处的地位和所起的作用，区分主、从犯。若他们的地位和作用一致或相当，则均认定为主犯。
5、在共同犯罪中，数名被告人互相推卸罪责，其它证据又不能确定他们之间地位和作用大小的，应认定他们在共同犯罪中起同等作用，不分主、从犯。
6、同案人在逃，从现有证据证实已抓获的被告人确实在整个犯罪过程中起次要或辅助作用(如看风、转移赃物等)的，应认定为从犯。
同案人在逃，抓获的被告人供称只参与看风、转移赃物等次要或辅助作用，又没有证据证明其直接实施犯罪行为的，不宜认定主、从犯，但量刑时酌情从轻处罚。
7、刑法分则对主犯另设处罚规定的，应依照刑法分则条文处罚。不应重复刑法总则关于主犯的规定。
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