如果属于单一罪行的案件，那么当查清的事实足以定罪量刑或与定罪量刑有关的事实已经查清，而无法查清不影响定罪量刑的事实时，检察院可以认为犯罪事实已经查清。
对于属于多个罪行的案件，如果部分罪行已经查清并符合起诉条件，而其他罪行无法查清时，检察院可以认为犯罪事实已经查清。
尽管无法查清作案工具和赃物去向，但如果有其他证据足以对被告人定罪量刑时，检察院可以认为犯罪事实已经查清。
如果证人证言、犯罪嫌疑人供述和辩解、被害人陈述的内容主要情节一致，个别情节不一致，但不影响定罪时，检察院可以认为犯罪事实已经查清。
以上情形的认定依据为《人民检察院刑事诉讼规则》第三百五十五条。
为了认定犯罪事实的发生，可以从以下几个方面进行考虑：
犯罪事实是指犯罪构成要件的各项基本事实情况。查清犯罪事实的目的是要查明何人在何种心态支配之下，针对何种对象实施了危害行为，并造成了何种危害结果，侵犯了何种合法权益。
犯罪的性质是指犯罪行为的法律性质，即某一危害社会的行为经由法律规定并通过审判机关确认的犯罪属性，表现为行为人的行为构成什么罪，应定什么罪名。
犯罪情节包括定罪情节和量刑情节。定罪情节是指影响犯罪性质的情节，它是构成犯罪的必备要素。量刑情节是指犯罪构成基本事实以外的其他影响和说明犯罪社会危害性程度的各种事实情况。
社会的危害程度是指犯罪行为对社会造成或可能造成的损害结果的程度。社会危害性是犯罪的最本质特征。社会危害性程度的大小是区分罪与非罪、罪轻与罪重以及由此而定的对犯罪分子是否适用刑罚、如何适用刑罚的重要依据。
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