1、非法运输毒品原植物种子罪的处罚标准是处3年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。非法买卖、运输、携带、持有毒品原植物种子、幼苗罪无论毒品数量多少，都应当追究刑事责任，予以刑事处罚。非法运输罂粟种子五十克以上、罂粟幼苗五千株以上、种子五十千克以上、幼苗五万株以上的应立案追诉。
2、法律依据：
《中华人民共和国刑法》第三百五十二条规定
非法买卖、运输、携带、持有未经灭活的罂粟等毒品原植物种子或者幼苗，数量较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。
犯本罪者，处五年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。
非法种植罂粟三千株以上或者其他毒品原植物数量大的，处五年以上有期徒刑，并处罚金或者没收财产。
非法种植罂粟或者其他毒品原植物，在收获前自动铲除的，可以免除处罚。/2、法律依据：《中华人民共和国刑法》第三百五十二条规定，非法买卖、运输、携带、持有未经灭活的罂粟等毒品原植物种子或者幼苗，数量较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。
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