根据《增值税暂行条例》第六条规定，销售额是指纳税人向购买方收取的全部货物销售价款和价外费用，不包括销项税额。根据《增值税暂行条例实施细则》第十二条规定，符合代垫运输费用的两个条件的运输费用不属于价外费用。
在方案一中，该公司与购货方签订购销合同，按照正常的产品销售价格进行销售，并约定由该公司代垫运费。同时，该公司与运输公司签订代办运输合同，在货物运达后向运输公司支付代垫运费。
该公司将运输公司的运输发票直接开给购货方，并将发票转交给购货方，作为代垫运费的凭证。
根据以上操作，每吨水泥的价格从284元降为234元，且符合代垫运输费用的两个条件，不需要缴纳增值税及相关城建税、教育费附加。
根据以上操作，2009年度的纳税情况如下：
不含税销售额 = 234÷(1+17%)×40 = 8000(万元)
增值税销项税额 = 8000×17% = 1360(万元)
增值税进项税额 = 860(万元)
应纳增值税额 = 1360-860 = 500(万元)
营业税金及附加 = 500×(7%+3%) = 50(万元)
增值税税负率 = 500÷8000 = 6.25%
主营业务利润额 = 8000-140×40-50 = 2350(万元)
应纳企业所得税额 = 2350×25% = 587.5(万元)
净利润 = 2350-587.5 = 1762.5(万元)
根据方案二，产品销售合同中约定销售价格包括运输装卸费，运输费用由销售方负担。
该公司给购货方开具销售发票，销售额包括运输装卸费，并将收取的水泥装车费作为价外费用申报增值税。
运输企业给该公司开具运输发票，该公司凭运输发票金额按7%计算抵扣进项税额，抵扣7%的税后余额作为销售费用处理。
根据以上操作，2009年度的纳税情况如下：
不含税销售额 = (234+50)÷(1+17%)×40 = 9709.4(万元)
增值税销项税额 = 9709.4×17% = 1650.6(万元)
增值税进项税额 = 860+30×40×7% = 944(万元)
应纳增值税额 = 1650.6-944 = 706.6(万元)
营业税金及附加 = 706.6×(7%+3%) = 70.66(万元)
增值税税负率 = 706.6÷9709.4 = 7.28%
主营业务利润额 = 9709.4-140×40-70.66-30×40×(1-7%)-20×40 = 2122.74(万元)
应纳企业所得税额 = 2122.74×25% = 530.69(万元)
净利润 = 2122.74-530.74 = 1592(万元)
综合考虑应缴税费和净利润两个因素，方案一与方案二相比，不仅少缴税费170.53万元，而且税后净利润增加了170.5万元，即方案一缴纳税费最少，税后净利润最多，因此方案一为最佳方案。
然而，该水泥生产企业从本企业实际出发，考虑到目前可以享受双重税收优惠，最终选择了方案二。
该公司的水泥产品已经被省资源综合利用认定委员会审查认定为资源综合利用产品，根据相关政策，该公司的水泥符合增值税即征即退优惠政策，应退税额为706.63万元。
该公司是成立于2006年2月的生产型外商投资企业，享受“两免三减半”所得税优惠。根据相关政策，该企业在2009年度开始进入减半征收的第二年份。
如果考虑到即征即退增值税因素，该企业在2009年度实际负担的增值税为零。根据相关政策，即征即退款应计入企业当年收入总额，相应增加企业所得税。
综上所述，方案二实际负担的各种税费为689.68万元，税后净利润为2210.27万元，相比方案一，方案二在应交税费和净利润两个方面更为优越，因此成为该企业的首选方案。
方案二的优势在于，将收取水泥装卸运输费作为价外费用申报增值税，既能享受增值税优惠政策增加企业收益，又没有任何税收风险。对购货方来说，可以凭销售方提供的增值税专用发票抵扣进项税额，更有利于购销双方的业务合作。
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