合伙合同纠纷是否涉及违法项目，法院能否处理，取决于具体情况。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条的规定，人民法院受理公民、法人和其他组织之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼。合伙合同是指两个以上合伙人为了共同的事业目的，订立的共享利益、共担风险的协议。
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条，人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合法律规定的起诉，人民法院必须受理。起诉必须符合以下条件：原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；有明确的被告；有具体的诉讼请求和事实、理由；属于人民法院受理民事诉讼的范围和管辖。
因此，合伙合同纠纷涉及违法项目的情况下，人民法院会根据双方当事人的争议焦点和提交的证据来进行判决。如果合伙纠纷属于违法项目，法院可能会将其移送给相关部门处理。
在处理合伙协议纠纷时，需要注意以下事项：
合伙是指两个以上公民按照协议，各自提供资金、实物、技术等合伙经营、共同劳动，并在书面协议中明确规定出资数额、盈余分配、债务承担、入伙、退伙、合伙终止等事项。合伙的债务由合伙人按照出资比例或协议约定承担清偿责任，合伙的特点是共同出资、共同经营、共担风险、盈亏共享。
根据《合伙法》第三十三条的规定，合伙企业的利润分配和亏损分担应按照合伙协议约定办理。如果合伙协议未约定或约定不明确，应由合伙人协商决定；如果协商不成，应按照实缴出资比例分配和分担；无法确定出资比例的，应由合伙人平均分配和分担。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或由部分合伙人承担全部亏损。
合伙人退伙必须经过全体合伙人同意，未经同意而退伙给其他合伙人造成损失的，应进行赔偿。如果合伙协议未约定合伙期限，合伙人在不对合伙企业事务执行造成不利影响的情况下，可以提前三十天通知其他合伙人退伙。
合伙对外债务时，应以合伙财产承担，如果合伙财产不足以清偿债务，全体合伙人应以个人财产承担连带责任。
合伙投入的财产和合伙积累的财产归全体合伙人共有，共同管理和经营。
合伙人有权共同决定合伙经营活动，并享有执行和监督的权利。
合伙人散伙时，应在清理各种税款后清理对外债务。如果仍有剩余财产，应退还各自投资并分取利润。
综上所述，当合伙纠纷涉及违法项目时，法院会根据双方当事人的争议焦点和提交的证据来进行判决。同时，合伙协议纠纷中需要注意合伙的本质特征、禁止约定部分合伙人只享受利益而不承担风险、合伙人退伙需经全体合伙人同意、全体合伙人对外债务承担连带责任、合伙财产归全体合伙人共有、合伙经营由全体合伙人共同决定以及散伙时需清理税款和外债务等事项。
需要注意的是，如果合伙纠纷涉及违法项目，可能会移送给相关部门处理。
合同公章和法人章的重叠问题，涉及合同生效条件和当事人的行为对合同效力的影响。根据《合同法》规定，合同在依法成立时具有法律效力，当事人可以约定合同的效力附条件。当事人不正当行为可能影响合同效力，需遵守相关法律和行政法规的规定执行。
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