从知道或者应当知道权利受到侵犯或者可能受到侵犯时计算，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。建设工程施工合同纠纷一般没有法律另行规定的情形，法律另有规定的除外，所以诉讼时效通常也是三年。
1、工程质量缺陷不适用“出售质量不合格的商品未声明的”一年的短期时效，而适用一般诉讼时效为三年。
2、施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或阶段质量验收未通过时起算;如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后三年。
3、如合同约定发包人提出质量缺陷主张有除斥期间的，发包人在除斥期限届满未主张即丧失诉讼时效。发包人未经竣工质量验收或验收不合格便擅自使用工程，丧失主张一般部位和重要部位的诉讼时效。
4、工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：
(1)工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少2年的保修年限后三年;
(2)工程重要部位即有防水要求的屋面、墙面、卫生间的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少5年的保修年限后三年;
(3)工程主要部位即地基基础和主体结构的保修责任，诉讼时效根据工程设计的不同结构形式而定：
农村的砖木结构的房屋为不少于设计年限30年后三年;
城市的砖和混凝土结构的房屋为不少于设计年限50年后三年;
城市的钢筋混凝土结构的房屋为不少于设计年限70年后三年，上述案件法律据此受理完全正确;
城市的钢结构房屋为不少于设计年限100年后三年。
5、对承包人在缺陷责任期内应保修而未保修的责任，发包人的诉讼时效为缺陷责任期届满后三年。
程款纠纷案件有关确认时效和返还时效的特殊性
1、承包人主张预付款、进度款，其诉讼时效为按合同约定的支付期限提出付款要求后三年。
2、承包人主张工程结算款，其诉讼时效自工程通过工程竣工质量验收、承包人提交竣工结算报告后三年，为发包人工程价款的确认时效，如工程价款结算已经确定，自确认之日后三年为承包人的返还时效，如承包人送出工程价款结算报告，发包人在三年未确认结算款，承包人的返还时效最长为4年。
3、承包人主张签证、索赔增加的工程款，诉讼时效为提交签证、索赔资料后三年;如合同约定除斥期间的，除斥期间届满，当事人丧失时效。
在日常生活中，建设工程合同纠纷的诉讼时效是根据就分原因有所不同的，大家再遇到类似问题时需要先确认自己属于那一类进而确定诉讼时效。如果想节约时间更快解决自己遇到的问题，此时是可以聘请专业的人士来帮助我们处理的。
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