《房屋征收与补偿条例》规定了对违法建筑及超过批准期限的临时建筑，不予补偿，以遏制违法建筑的蔓延，减少违建现象的存在。
然而，在具体实践中，相关机关有时会跳过对无证房屋的调查和认定环节，直接将其界定为违法建筑，在征收时不予补偿，从而侵害了公民的权益。
(一)认定的依据
目前，各级人民政府及相关机关认定违法建筑的主要依据是《城乡规划法》和《土地管理法》。建筑物是以土地为依托的，如果土地使用权不合法，其上的建筑也不符合相关规定或缺乏相关手续和建房依据。
因此，在调查违法建筑时，应先根据《土地管理法》确定土地使用是否合法。如果土地取得程序合格且有使用权证，还需要根据《城乡规划法》确定建筑的建造者在建房时或建成后是否取得了建设用地规划许可证和建设工程规划许可证，并且是否依照该许可证进行建房。
同时，如果建房出现在公路、铁路、文物保护等附近，还需要符合公路法、铁路法、环境保护法等相关法律的规定。因此，在认定违法建筑时，应充分考虑相关实体法的具体规定。
在确定违法建筑的认定依据时，应根据建造时的法律规定，而不能依照调查认定时的规定，因为相关机关不能要求公民在建造时就预见到政策的变更。
(二)认定的主体
被征收的房屋是否属于违法建筑必须由法律授权的相关机关界定，因为这与公民利益密切相关。如果不对认定机关进行限制，就会出现随意认定违法建筑的乱象。
我国现行法律中对违法建筑的认定主体有规定。《房屋征收与补偿条例》规定由市、县级人民政府组织有关部门对违法建筑进行调查认定，《城乡规划法》明确由县级以上人民政府及其城乡规划主管部门对违反城乡规划法律法规的行为进行调查、监督检查，《土地管理法》规定由县级以上人民政府土地行政主管部门对违反土地管理法律法规的行为进行监督检查。
对于公路法、铁路法、环境保护法中对违法建筑有规定的，由其管理机关认定，以便让各机关在其管理范围内认定违法建筑，防止滥认定现象的发生，尽可能维护公民的合法权益。
对于违法建筑的认定，相关机关应严格依照法律规定的认定程序，在法律授权的范围内行使权力。
这样既可以遏制违法建筑的蔓延，也可以降低公民的损失，增加政府及相关机关的公信力。
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