本标准根据加工出口区设置管理条例第二十一条第二项的规定制定。
本条例第三条第二项所称在区内营业的事业，其管理费按以下分类计收：
1. 归属制造业者，按制造业费率计收；
2. 归属商业者（制造输出业除外），按贸易业费率计收；
3. 归属运输、仓储及通信业者，按仓储运输业费率计收；
4. 归属专业、科学及技术服务业者，按服务业费率计收，其中归属顾问服务业者，按顾问服务业费率计收。
此外，还包括在区内设有分支机构的金融机构、经经济部加工出口区管理处认可的运送人、经核准在区内投资兴建厂房、建筑物的公民营事业以及在区内设有营业或联络处所的其他事业。
本标准所称营业额包括销售收入、服务收入、佣金收入、工程收入、加工收入、租金收入、区内事业与其总机构、分支机构货品或劳务之移转及其他归属营业收入等项目。
制造业管理费按全年营业额的不同采取不同的累退费率计收，未达到一定金额按一定标准计收。
具体费率如下：
1. 全年营业额100亿元以下，按千分之2.2计收；
2. 超过100亿元至200亿元，按千分之1.9计收；
3. 超过200亿元至500亿元，按千分之0.8计收；
4. 超过500亿元，按千分之0.2计收。
贸易业货物进区者，管理费按全年营业额的不同采取不同的累退费率计收，未达到一定金额按一定标准计收。
具体费率如下：
1. 全年营业额10亿元以下，按千分之1.3计收；
2. 超过10亿元至40亿元，按千分之1.1计收；
3. 超过40亿元至100亿元，按千分之0.9计收；
4. 超过100亿元至200亿元，按千分之0.7计收；
5. 超过200亿元至300亿元，按千分之0.5计收；
6. 超过300亿元，按千分之0.3计收。
贸易业货物不进区者，管理费按全年营业额的不同采取不同的累退费率计收，未达到一定金额按一定标准计收。
具体费率如下：
1. 全年营业额50亿元以下，按千分之0.4计收；
2. 超过50亿元至150亿元，按千分之0.3计收；
3. 超过150亿元至250亿元，按千分之0.2计收；
4. 超过250亿元，按千分之0.1计收。
仓储运输业管理费按营业额的千分之2计收，未达到一定金额按一定标准计收。
顾问服务业管理费按营业额的千分之3计收，未达到一定金额按一定标准计收。
除顾问服务业以外的其他服务业管理费按营业额的千分之1.8计收，未达到一定金额按一定标准计收。
在区内设有分支机构且有营业额的金融机构，管理费按营业额的千分之0.9计收，未达到一定金额按一定标准计收。
经管理处认可的运送人，管理费根据登记的车数计收，曳引车每车每月按新台币300元计收，保税及一般营业卡车每车每月按新台币200元计收，最低计费标准为新台币1000元，超过此金额按实际车数计收。
经核准在区内投资兴建厂房、建筑物的公民营事业，管理费按所兴建的厂房、建筑物的营业额的千分之1.5计收，未达到一定金额按一定标准计收。
除金融机构、运送人及经核准在区内投资兴建厂房、建筑物的公民营事业以外的其他在区内设有营业或联络处所的事业，其管理费根据租用或使用面积计收。
租用或使用面积800平方公尺以下的，每平方公尺每月按新台币25元计收，但每月管理费未达新台币900元者，按新台币900元计收；超过800平方公尺的，按超过面积每平方公尺每月按新台币20元计收。
区内土地由土地所有权人自行开发且该区内的公共设施由土地所有人自行维护办理的区内事业，其管理费按各业别收费标准的一半计收。
管理费应在每期终了的次月二十日前填写加工出口区内事业营业额及管理费申报书，并检附相关文件，向管理处或分处申报营业额及管理费，并应在当期终了的次月底前缴清管理费。
区内事业及在区内设有分支机构且有营业额的金融机构，自核准营业之次月起应缴纳管理费；在区内设有营业或联络处所的事业，自核准设立之次月起应缴纳管理费。
区内事业、在区内设有分支机构且有营业额的金融机构以及经核准在区内投资兴建厂房、建筑物的公民营事业，应在每期终了的次月二十日前填写加工出口区区内事业营业额及管理费申报书，并检附相关文件，向管理处或分处申报营业额及管理费，并应在当期终了的次月底前缴清管理费。
经核准在区内投资兴建厂房、建筑物的公民营事业以外的其他在区内设有营业或联络处所的事业，应在每期终了的次月二十日前缴清管理费。
区内事业申报的营业额如属于销货退回及折让、代收代付、发票误开、营业外之出售固定资产收入、废品下脚收入、六个月以内租金收入及区外资产租金收入，经检具足够证明文件者，可以免收管理费。
对于代收代付项目，应按期办理减免，并应在年终公司办理结算申报时，检具会计师签证的年度决算金额，送管理处或分处备查，同时按会计师审查的金额，向管理处或分处补缴或申请发还管理费。
区内事业申报的营业额，如果符合以下情况之一，可以免收管理费：
1. 向区内总机构、分支机构或关系企业购买货品，其购买货品部分；
2. 将货品委托区内总机构、分支机构或关系企业加工，其委托加工部分。
对于以上免收管理费的项目，应按期办理减免，并应在年终公司办理结算申报时，检具会计师签证的年度决算金额，送管理处或分处备查，同时按会计师审查的金额，向管理处或分处补缴或申请发还管理费。
规费的计收标准如下：
1. 营利事业登记证费：每件新台币1000元；
2. 工厂变更设立许可之审查费：每件新台币5000元；
3. 工厂登记之审查及登记费：每件新台币5000元；
4. 工厂变更登记之审查及登记费：每件新台币3000元；
5. 工厂登记证照费：每件新台币2000元；
6. 换发或补发许可函或工厂登记证：每件新台币2000元；
7. 工厂登记抄录费或证明书费：每件新台币1000元；
8. 工厂设立许可、登记或变更设立许可、登记经核驳者，免予收费；
9. 动产担保交易登记费（含证书费）：每件新台币900元；
10. 动产担保交易变更登记费（含证书费）：每件新台币450元；
11. 动产担保交易登记查阅费（包括成本费及影印费）：每件新台币120元；
12. 动产担保交易登记补发证书费：每件新台币120元；
13. 电气技术人员登记费：按电业规费收费标准收取费用；
14. 建造或杂项执照费：按建筑物造价千分之1计收；
15. 原产地证明书签发费：依原产地证明书管理办法收取费用；
16. 招牌广告树立广告申请许可证费：固着于建筑物墙面上面积未达1.2平方公尺者，每件新台币100元；1.2平方公尺以上者，每件新台币1000元；
17. 营业或联络处所登记证费：每件新台币200元；
18. 新设或变更事业废弃物清理计划书审查费：依事业废弃物清理计划书审查费收费标准收取审查费；
19. 申请核发、换发或补发固定污染源设置、变更或操作许可证之审查费或证书费：依固定污染源设置变更操作许可审查费及证书费收费标准收取证书费。
各项费用应在规定的期限内缴纳。
各项收费项目的征收应按预算程序办理。
本标准自中华民国九十四年十一月一日施行。
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