指定管辖，是指上级人民法院以裁定方式，指定下级人民法院对某一案件行使管辖权。由于刑事诉讼法及相关的司法解释只规定了立案管辖和审判管辖，实践中对于管辖有异议后指定管辖的案件，一般有两种处理方法：
1、在对该案件侦查终结后，将案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关，由该公安机关移送相应的检察机关提起公诉；
2、是被指定立案侦查的公安机关报请其上一级公安机关与该市中级法院协商后，中级法院指定该市某基层法院管辖，并通知与中级法院对应的市检察院，市检察院再通知相应的基层检察院。
二、管辖在法律上的分类
1、我国《刑事诉讼法》、《民事诉讼法》和《行政诉讼法》都在各自的法律条文中对管辖作了专门规定，三类诉讼法均将管辖分为级别管辖、地域管辖、移送管辖、指定管辖四大类，其中，地域管辖又进一步分为四小类，即一般地域管辖、特殊地域管辖、专属管辖和共同管辖。需要特别强调的是：
（1）民事诉讼法、行政诉讼法中的管辖只解决人民法院系统内受理第一审民事、行政案件的权限分工，而刑事诉讼中的管辖除了要解决各人民法院之间的审判管辖之外，还要解决公、检、法三机关之间立案受理刑事案件的职权分工，即刑事诉讼中的职能管辖。因此，我国的刑事诉讼管辖除了上面提到的四大类审判管辖外，还包括职能管辖。职能管辖将部分刑事案件的立案、受理、侦查权交给公安机关和检察院。但是，对这些刑事案件的审判权还是在人民法院。公安机关和人民检察院在侦查完毕后，认为应当追究刑事责任的，应将刑事案件交给有管辖权的人民法院进行审判。
（2）民事诉讼、行政诉讼中的当事人对某些案件的管辖有一定的选择权。因此，在其地区管辖中，除了上面提到的四小类外，还包括协议管辖和选择管辖。这两类管辖是“当事人意思自治原则”在民事诉讼、行政诉讼领域的运用，这意味着充分尊重当事人的意愿，使他们能够寻求最为信赖的人民法院进行诉讼，有利于纠纷的彻底解决。但刑事诉讼中无论是公诉案件还是自诉案件，当事人对案件管辖都不具有选择权和处分权，这是由刑事诉讼追究、惩罚犯罪的活动特点所决定的。
三、管辖在诉讼理论上的分类1、法定管辖。是法律明确规定哪些案件由哪一级人民法院中的哪一个法院行使管辖权。因此，在法定管辖中，依据法院对案件的纵横管辖关系的不同，又可以分为级别管辖和地域管辖。
2、裁定管辖。是由享有相应权限的法院作出裁定或决定，以确定具体的管辖法院。在裁定管辖中，依据管辖的决定方式不同，又可以分为指定管辖、移送管辖和管辖权的转移。
从法定管辖和裁定管辖的关系来看，法定管辖是针对诉讼管辖的一般情形作出的，而裁定管辖则是针对特殊政策情形而规定的。设定裁定管辖，或者是为了落实法定管辖的规定，或者是为了对法定管辖进行个别调整。
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