根据《合同法》第一百一十四条的规定，违约金可以分为法定违约金和约定违约金。约定违约金具有以下特征：
违约金的数额是双方事先约定好的，不会因为违约的程度而改变。
违约金是一种违约后的补救措施，用于弥补违约方造成的损失。
违约金的支付是独立于履行合同的行为，不能替代履行合同的义务。即使支付了违约金，违约方仍需履行合同。
根据一般原则，对于违约金的具体约定，按照合同中的约定执行；对于没有约定或约定不明确的情况，按照没有约定处理。
违约金的计算依据是合同总价。一般约定的违约金数额不得超过合同未履行部分的价款总额。
逾期付款违约金的计算需要注意不同时期的计算参考依据。
根据中国人民银行关于逾期罚息计算标准的规定，自1996年以来，逾期罚息计算标准分别为日万分之五、日万分之四、日万分之三、日万分之二点三。
根据最高人民法院的规定，如果合同当事人没有约定逾期付款违约金标准，人民法院可以参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的计算标准计算逾期付款违约金。
合同当事人明确约定适用地方规章规定的，人民法院可以参照执行。
如果合同中同时约定了违约金和罚款，或者只约定了罚款，只要金额不超过未履行部分总额，可以将罚款视为违约金处理。
综上所述，根据工程合同的违约情况，违约金的计算应按照中国人民银行规定的计算标准进行。如果您有复杂的情况，建议咨询律师以获取法律意见。
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