1、修复后仍然不合格的建设工程，合同双方遭受了不同程度的经济损失。发包人投资付之东流，建筑材料变成建筑垃圾，损失包括投资、建材价款、劳务费、设备租赁费、贷款利息、对第三人赔偿金等；承包人劳而无果，损失包括机械设备租赁费、工人工资、垫资等。根据《民法通则》、《合同法》的相关规定，过错方应当赔偿对方由此遭受的损失。
2、质量缺陷往往是多因一果，是发包人和承包人混合过错所造成的。承包人是专业施工主体，对工程质量负有高于社会中谨慎理性人的注意义务。
3、承包人明知设计图纸有缺陷，未及时提出而继续施工的；对建筑材料配件怠于检验或者通知而继续使用的；对发包人降低工程质量的要求不予拒绝的，可以确定其存在过错，也应当按照过错程度承担相应责任。
1、工程质量不合格或者不合约定的处理
根据《施工合同司法解释》第3条规定，建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：
（1）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；
（2）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
司法解释确立了工程质量高于合同效力原则，施工合同无效但建设工程验收合格或者原验收不合格但修复后验收合格的，发包人应当支付工程款，但修复费用应当由承包人承担。无法修复和修复后仍然不合格的建筑工程，无任何利用价值，只能铲除重建，背离发包人缔约目的，让其接受并支付工程款违背公平正义原则。
2、质量缺陷的过错责任分担
根据《施工合同司法解释》第12条规定，发包人具有下列情形之一，造成建设工程质量缺陷，应当承担过错责任：
（1）提供的设计有缺陷；
（2）提供或者指定购买的建筑材料、建筑构配件、设备不符合强制性标准；
（3）直接指定分包人分包专业工程。发包人原因造成工程质量缺陷的，亦应当承担过错责任。
发包人原因造成工程缺陷的情形包括勘察设计有缺陷、提供或指定购买的建筑材料、建筑配件、设备不符合国家强制性标准、直接指定分包人发包专业工程等。
3、擅自使用工程，质量视为合格
根据《施工合同司法解释》第13条规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。
为提前获得投资利益或达到拖欠工程款目的，建筑工程未经验收程序或验收不合格就擅自使用，这意味着发包人认可工程质量，或者自愿承担不合格工程产生的质量责任。转移占用之日是工程竣工日期，从即日起发包人开始承担质量责任风险，应当及时审核承包人送交的结算报告并按时支付工程款；承包人对擅自使用部分不再承担无偿返工修复的义务。
1、司法鉴定时效问题
目前我国工程质量保修期限的约定有两个方面：一是双方约定正常使用年限；若没有约定，则根据国务院令《建设工程质量管理条例》关于建设工程质量最低保修期的规定。
2、工程质量司法鉴定与施工质量验收不同
施工质量验收属于过程检验，施工过程中随时进行检验批的抽样验收，最后对单位工程或分部工程质量做出整体评定结论；而司法鉴定属于现状检验，无法对施工过程进行鉴定。鉴定时，应让委托方明确鉴定事项，针对检测手段不能达到的检测项目事先告知委托方。
3、分清鉴定机构和法院责任，不可混淆二者的权限
工程质量司法鉴定机构作为中立的第三方机构，其法律地位决定了没有任何审判的权利。鉴定机构只是法院或法官的助手，起到专家证人的作用。鉴定机构仅从技术角度分析工程质量问题产生的原因，而不去评价工程责任问题，应由法院根据鉴定意见去审理判定。
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