国家赔偿法实施以来，立法存在一些问题。根据统计数据，到2003年底，全国法院共受理了15867起人民法院作为赔偿义务机关的赔偿案件，以及人民法院赔偿委员会依法审理的国家赔偿案件。其中，有15315起案件已经审结，决定赔偿的案件占全部受理案件的三分之一，共计5442起。这表明国家赔偿案件在全部案件中的比例非常低。人民法院国家赔偿案件的稀少同时也反映出现行法律规定的缺陷。
一些人大代表和学者认为，现行行政诉讼法以及国家赔偿法对行政赔偿诉讼的规定存在许多问题，妨碍了国家赔偿制度功能的发挥。其中主要问题是：
行政赔偿诉讼中的违法确认程序有两种情况：
一种情况是在行政诉讼附带行政赔偿诉讼中，人民法院通过对被诉具体行政行为的违法确认，来确定是否赔偿。赔偿责任的决定不仅是合法性审查的结果，也是行政争议的最终法律解决。
另外一种情况是受害人单独提起行政赔偿诉讼。根据行政诉讼法和国家赔偿法的相关规定，赔偿义务机关只有在确认行政行为违法之后，才能给予赔偿。
单独提起行政赔偿诉讼通常适用于以下情况：
经过近十年的实践，行政确认的前置程序已经成为当事人获得行政赔偿的障碍。由于确认违法基本上是由涉嫌违法的机关自身或者其上级进行，这种程序使得确认违法极其困难。加之法律没有确认期限的规定，有关机关能够拖延时间。当事人对于不予确认的不作为行为，只能通过申诉途径。这导致当事人不得不长期上访、申诉以争取确认违法和请求赔偿。因此，国家赔偿法中关于行政赔偿义务机关自己纠正错误的前置程序设置已成为制度缺陷，有人认为这使得国家赔偿法变成了“国家不赔法”。
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