有纠纷案件能不能通过海关的检查，主要看该案件有不没有完结，如果纠纷案件完结的，不影响公民出境。
《中华人民共和国出境入境管理法》
第十二条 中国公民有下列情形之一的，不准出境：
(一)未持有效出境入境证件或者拒绝、逃避接受边防检查的：
(二)被判处刑罚尚未执行完毕或者属于刑事案件被告人、犯罪嫌疑人的：
(三)有未了结的民事案件，人民法院决定不准出境的：
(四)因妨害国(边)境管理受到刑事处罚或者因非法出境、非法居留、非法就业被其他国家或者地区遣返，未满不准出境规定年限的：
(五)可能危害国家安全和利益，国务院有关主管部门决定不准出境的：
(六)法律、行政法规规定不准出境的其他情形。
我国《海关法》第六条规定，海关可以行使下列权力：
1、检查进出境运输工具，查验进出境货物、物品：对违反本法或者其他有关法律、行政法规的，可以扣留。
2、查阅进出境人员的证件：查问违反本法或者其他有关法律、行政法规的嫌疑人，调查其违法行为。
3、查阅、复制与进出境运输工具、货物、物品有关的合同、发票、帐册、单据、记录、文件、业务函电、录音录像制品和其他资料：对其中与违反本法或者其他有关法律、行政法规的进出境运输工具、货物、物品有牵连的，可以扣留。
4、在海关监管区和海关附近沿海沿边规定地区，检查有走私嫌疑的运输工具和有藏匿走私货物、物品嫌疑的场所，检查走私嫌疑人的身体：对有走私嫌疑的运输工具、货物、物品和走私犯罪嫌疑人，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准，可以扣留：对走私犯罪嫌疑人，扣留时间不超过二十四小时，在特殊情况下可以延长至四十八小时。
5、在海关监管区和海关附近沿海沿边规定地区以外，海关在调查走私案件时，对有走私嫌疑的运输工具和除公民住处以外的有藏匿走私货物、物品嫌疑的场所，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准，可以进行检查，有关当事人应当到场：当事人未到场的，在有见证人在场的情况下，可以径行检查：对其中有证据证明有走私嫌疑的运输工具、货物、物品，可以扣留。
6、海关附近沿海沿边规定地区的范围，由海关总署和国务院公安部门会同有关省级人民政府确定。
7、在调查走私案件时，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准，可以查询案件涉嫌单位和涉嫌人员在金融机构、邮政企业的存款、汇款。
8、进出境运输工具或者个人违抗海关监管逃逸的，海关可以连续追至海关监管区和海关附近沿海沿边规定地区以外，将其带回处理。
9、海关为履行职责，可以配备武器。海关工作人员佩带和使用武器的规则，由海关总署会同国务院公安部门制定，报国务院批准。
10、法律、行政法规规定由海关行使的其他权力。
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