有些同志的思想认识仍不够统一。有的同志认为，重大公共投资项目建设只是应对国际金融危机、拉动经济增长的应急之策，没有认识到三农、教育卫生、科技创新和保障性住房建设等是与改善民生、产业升级密切相关的工程，是长期的社会工程；有的同志认为保障性住房建设是推进旧城改造、美化城市环境的难得机遇，没有坚持宜修则修、宜建则建的原则，盲目追求扩建、新建，摊子铺得很大；一些地方对技术改造的范围界定得不够明晰，科技创新项目安排重点不够突出；有的对后续技术改造投资信心不足，缺乏积极创新的动力；有些地方对农田水利建设的积极性不高，筹资困难，尽管中央财政给予了大量的资金补贴，但农田水利建设“最后一公里”梗阻的问题仍然没有很好解决。
有些地方制订的保障性住房建设规划，对居民保障需求缺乏准确的调查统计，简单地根据中央补助资金数额编制建设规划，造成规划和实际需求不一致；有些地方制订的规划只有建设总规模和资金总需求，对各级政府承担的资金数额和比例等没有明确要求，导致规划难以有效实施；有的项目因水、电、路等基础设施建设不配套，使居民迟迟不能入住；个别地方将保障性住房建在城市郊区，缺少教育、医疗、交通等设施，给居民的工作、生活、出行带来不便。一些地方对区域内的教育、卫生资源配置缺乏科学规划，或者执行项目规划不严格，超规模、超标准建设，造成资金浪费。有的地方为改善城市形象，盲目拆迁，甚至将医院和学校迁建至尚未开发的地区，严重影响群众看病就医和子女就学。有些地方的农田水利建设项目前期准备不足，可行性研究和申报等工作的时间很短，使规划质量受到一定影响。
虽然中央财政安排了大量公共投资，但由于建设项目安排过多，所需资金与实际投入仍存在较大差距。今年中央财政提高了对地方廉租住房建设的资金补助标准，但每套住房平均也只有2.37万元，相当于投资额的30%左右，许多省级财政补助数额又比较少，筹资和建设责任主要落在市、县、区政府身上，基层政府普遍反映压力很大。今年中央公共投资中用于教育、卫生等民生工程项目和技术改造、自主创新项目的资金所占比例较低，难以满足建设资金的需求。农田水利设施建设的长期稳定投入机制尚未建立，资金安排规模与实际需求差距很大。
据卫生部反映，2009年规划的基层卫生服务体系建设项目，中央投入比重占48.7%，地方配套比重占51.3%，其中由基层卫生机构自筹的比重又占到地方配套资金的51.7%，落实比较困难。截至今年5月，去年要求地方配套的病险水库除险加固资金，平均到位率只有68.4%，有的省份仅有30%，严重影响工程建设进度。江苏省2009年安排19个小型农田水利建设项目，共需投资6.5亿元，中央和省级财政仅投入3.07亿元，其余3.47亿元由市县财政配套和群众自筹，落实困难。
国家安排的保障性安居工程项目在建设规划、政府投入、社会融资、可持续经营等方面的政策措施还需要进一步完善。部分已经建成的教育、卫生建设项目，有的功能设计不够合理，难以满足教学和医疗服务的需要。有些医疗卫生机构业务用房按照普通办公场所的标准建设，新购置的医疗设备缺乏适宜场所而无法使用。有的中小学校舍安全工程尚未竣工即投入使用，给师生安全带来隐患。部分地方对技术改造和科技创新项目仍然重审批、轻管理，招标投标、工程监理、竣工验收、绩效评价等不够规范。有些农田水利建设工程管理粗放，产权不明晰，管理责任不落实，农民缺乏参与建设和管理的积极性。
全国人大常委会的调研报告建议，对于正在实施的重大公共投资项目，不仅要有当前的周密安排，更要有长远的考虑和打算：做好项目后续安排；与制定“十二五”规划紧密衔接；深化政府投资体制改革；建立基本住房保障制度；健全中央和地方财力与支出责任相匹配的财政体制。
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