代理人是代表他人进行行为，而信托受托人是负责管理他人的财产。
信托受托人对所管理的金钱或财产享有普通法上的所有权，而受益人对这些金钱或财产享有衡平法上的权利。受益人的权利是针对财产而不是针对人的。因此，信托受托人不具备代理的功能，而代理人一般不会管理自己的金钱或财产。
信托受托人通常不受受益人的控制，受益人也不能撤销信托。而代理人受本人的控制，本人通常有权撤销授权。
明示信托受托人的法律地位往往由各种形式的成文法规范进行调整，而代理人的作用在不同领域表现不一，因此无法由一般的成文法规进行调整。
本人和代理人的关系通常源于双方当事人的协议，即使是法律自动构成的代理，也涉及一方当事人的同意。而信托关系的形成则不需要受益人或信托受托人的同意。代理关系可以因本人或代理人的意思表示、死亡或丧失行为能力而终止，但信托关系除非信托条款另有规定，不会因信托人、受益人或信托受托人的意思表示、死亡或丧失行为能力而终止。
代理人负有服从本人的义务，而信托受托人只负有遵守信托条款的义务，没有义务服从受益人。然而，受益人有权申请法院强制信托受托人履行信托条款规定的义务。
信托受托人无权通过合同或其他法律行为拘束受益人，尽管他可以使信托财产成为侵权之债、合同之债和返还义务请求权的客体。代理人可以因其代理行为而直接拘束本人。此外，信托受托人不是受益人的代表人，因此也不可能使受益人本人对信托受托人的契约债务或侵权债务承担责任。
本人与代理人之间的诉讼受诉讼时效的限制。但是，受益人对信托受托人就欺诈、欺诈性违反信托或返还信托财产提起诉讼时，则不受诉讼时效的限制。然而，衡平法上的懈怠法理可以击败受益人的请求权。在这方面，代理人与信托受托人之间的区别并不显著。
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