危害一：违法建筑的拆除
根据《中华人民共和国土地管理法》第四十四条规定，进行农用地转为建设用地的项目，必须办理农用地转用审批手续。然而，“以租代征”没有按照法律规定的程序进行农用地转用审批，因此在该土地上建设的建筑物属于违法建筑，一旦被调查发现，将被强制拆除。尽管有人认为房子并非自己的，但土地始终是自己的。由于违建被拆除后，恢复耕地的任务仍然由出租土地的农民承担，这部分损失也由农民自己承担，导致开发商走了，农民还要自己出钱恢复耕地。
危害二：租金纠纷和征地补偿未得到
在“以租代征”的案件中，租金问题是最常见的纠纷。由于农民在签订租赁协议时无法预测未来几年的经济发展、物价和土地价格的变化，导致租金标准在几年后明显不合理。租赁方不愿提高租金，称合同中没有规定调整租金的条款，而农民则感到亏损，引发纠纷，导致租金无法及时收取。此外，还存在官商勾结的情况，开发商利用农民签署的租赁协议私自办理征地审批，农民既没有得到征地安置补偿等费用，甚至土地也不再属于他们所有。
《中华人民共和国土地管理法》规定
第四十四条
建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。省、自治区、直辖市人民政府批准的道路、管线工程和大型基础设施建设项目、国务院批准的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由国务院批准。在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次由原批准土地利用总体规划的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。本条第二款、第三款规定以外的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准。
分配征地补偿款的注意事项
为了公正分配土地补偿费，以下情况不应认定为分配资格：
1. 通过不正当手段迁入户口
通过不正当手段迁入户口，不应认定其具有分配资格。
2. 为了获得便利条件而迁入户口
为了获得某种便利条件而迁入户口，不应认定其具有分配资格。例如，一些学校的招生条件包括户口所在地，一些家长为了让子女就读而将户口迁入亲戚处。
3. 在大中专院校就读的情况下迁出户口
在大中专院校就读的情况下迁出户口，但其父母仍以集体经济组织的基本生产资料为经济生活保障，为确保其安心学习所需的生活费用，应认定其具有分配资格。
4. 大中专院校毕业后迁回户口
大中专院校毕业后迁回户口，已属居民户，并在外工作，有稳定的生活来源，尽管未将户口迁至工作地，但不应以户口在本村认定其具有分配资格。
5. 已嫁入的妇女
已嫁入的妇女，户口已迁入，应查明其娘家所在地是否已收回其责任田。如果未收回，其作为农民的合法权益未受侵犯，不应认定其具有分配资格。
6. 新生人口
对于村庄的新生人口，根据法律规定，人的民事权利能力始于出生。因此，即使户口手续未办好，也不应拒绝发放征地补偿费。只要能够确认征地补偿费产生于其出生之后，就应认定其具有分配资格。
