根据我国《刑法》分则的规定，对于单位犯罪，只对单位的主管人员和其他直接责任人员进行处罚，而不对单位本身适用刑罚。这是因为单位犯罪虽然以单位形式实施，但实际上社会危害主要体现在个人的行为上。只有当个人实施具体的犯罪行为时，才会产生这种危害的结果。因此，在某些情况下，只对单位的主管人员和直接责任人员进行处罚就足够了，不需要对单位本身进行处罚。
单位犯罪的处罚应与犯罪行为相适应，重罪重判，轻罪轻判，罪行相称，罚当其罪。对单位犯罪，我国采用的是以两罚制为主，单罚制为辅的处罚原则。大部分情况下，对单位犯罪实施罚金刑，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员实施自由刑或罚金和没收财产。
对单位判处罚金时，采用的是无限额罚金，即具体数额未明确规定。在司法实践中，应根据单位犯罪行为所造成的危害结果、犯罪情节、手段以及单位的执行能力等具体情况，酌定适用罚金的数额。如果一次性缴纳罚金有困难，还可以判令其分期缴纳。
对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处以刑罚时，主要是以自由刑为主，同时也可能适用罚金和没收财产。在适用自由刑时，大部分情况下与个人犯罪的刑罚相同，但也有一部分情况下刑罚较个人犯罪的刑罚较低。
实行两罚制对单位犯罪行为进行综合全面的处罚，能够全面否定单位犯罪（既否定单位本身，又否定作出决策和实施行为的直接责任人员）。如果法律规定只实行单罚制，将不利于遏制单位犯罪。
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