根据我国相关法律规定，商店停业整顿的时限由作出行政处罚的行政机关决定，并在行政处罚决定书中明确规定。
根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十九条的规定，行政机关在依法进行行政处罚时，必须制作行政处罚决定书。行政处罚决定书应当包含以下内容：
一、当事人的姓名或名称、地址；
二、违反法律、法规或规章的事实和证据；
三、行政处罚的种类和依据；
四、行政处罚的履行方式和期限；
五、不服行政处罚决定，申请行政复议或提起行政诉讼的途径和期限；
六、作出行政处罚决定的行政机关名称和作出决定的日期。
行政处罚决定书必须盖有作出行政处罚决定的行政机关的印章。
一般情况下，行政机关在作出责令停产停业、吊销许可证或执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利。如果当事人要求进行听证，行政机关应当组织听证，并且当事人不需要承担听证费用。听证的程序如下：
一、当事人应当在行政机关告知后的三日内提出听证要求；
二、行政机关应当在听证的七日前，通知当事人听证的时间和地点；
三、除涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私外，听证应当公开进行；
四、听证由行政机关指定的非本案调查人员主持，如果当事人认为主持人与本案有直接利害关系，有权申请回避；
五、当事人可以亲自参加听证，也可以委托一至两人代理；
六、在听证过程中，调查人员提出当事人违法的事实、证据和行政处罚建议，当事人有权进行申辩和质证；
七、听证应当制作笔录，经当事人审核无误后签字或盖章。
因此，当行政机关作出责令停产停业的行政处罚时，应当告知当事人享有听证的权利，并且应该给予当事人法定的听证申请时限，以确保其充分行使听证权。在听证期限内，行政机关不得作出处罚决定。
行政处罚决定生效后，关于法院裁定申请的相关法律规定。当事人对行政处罚决定有异议，可在六个月内提起诉讼。复议机关未在规定期限内作出决定，申请人可在期满之日起十五日内提起诉讼。同时，在诉讼期间，行政行为的执行一般不会停止，但在特定情形下法院可裁定停止执行
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罚款和罚金在性质、决定机关及法律依据等方面的实质性区别。罚金是《刑法》规定的附加刑，由人民法院在判决书中作出决定；而罚款则由行政机关或法院依法实施，并分别在行政和司法领域的不同法律依据下作出决定。了解这些差异对正确适用罚款和罚金制度至关重要。
