作为解决民事纠纷的一种途径，仲裁应当具有更高的效力，但不能完全否定工伤认定部门对劳动关系事实的认定。如果在工伤认定之前已经进行了劳动仲裁，或者在工伤认定程序中申请了劳动仲裁，那么仲裁委员会作出的劳动关系仲裁裁决应当作为工伤认定的依据。然而，如果在工伤认定作出后，相对方对其中的劳动关系事实认定持异议，又没有提起行政诉讼，而是申请劳动仲裁，而且仲裁裁决恰好又对事实作出了相反的认定。
应当承认劳动仲裁裁决的权威性。但是，在工伤行政认定行为生效后再申请劳动关系仲裁，对行政稳定和效率不利。这涉及到行政效率和民事权利保护之间的权衡。为了更好地平衡，工伤认定程序中应当明确说明，告知相对方可以对劳动关系申请仲裁，并征求其是否申请的意见。如果相对方放弃了申请仲裁的权利，或者在认定程序结束前仍未申请仲裁，可以认定相对方放弃了申请仲裁的权利，工伤认定部门可以进行事实认定，或者委托劳动仲裁机构出具意见书。对于工伤认定中的事实认定，相对方不得再申请劳动仲裁，只能提起行政诉讼。
根据《工伤保险条例》，工伤认定必须向统筹地区劳动保障行政部门提出申请。根据《福建省实施〈工伤保险条例〉办法》第五条的规定，工伤保险基金在设区的市实行全市统筹，并实行省级调剂金制度。因此，一般情况下，工伤认定申请应当提交给生产经营地所在的市级工伤认定部门。根据《企业劳动争议处理条例》第十八条的规定，劳动关系争议的仲裁由职工当事人工资所在地的县级仲裁委员会处理。因此，在同一个工伤认定案件中，如果申请劳动关系仲裁，工伤认定和劳动仲裁可能存在级别和地域管辖上的冲突，往往由不同的部门作出裁决。为了方便相对方，可以规定由工伤认定部门所在的劳动社会保障部门的仲裁机构，或者所在辖区的县级仲裁机构进行仲裁；在相对方不申请仲裁时，工伤认定部门可以委托劳动社会保障部门所在地的仲裁机构出具意见书。
通过上述分析，筆者认为，工伤认定部门对劳动关系可以进行形式审查，但不能认为申请材料无法证明劳动关系的存在而不予受理。工伤认定部门可以对劳动关系的存否进行调查核实，并在行政行为的事实认定中体现。相对方如果对此不服，可以以事实认定不清为由提起行政诉讼。
在工伤认定程序中，如果劳动关系争议已经经过仲裁裁决，工伤认定应当以裁决为基础；如果在工伤认定中当事人未申请仲裁，应当告知当事人有权申请仲裁，被受理后工伤认定程序暂停，待裁决作出后恢复认定程序；如果在工伤认定中，当事人经告知后不申请仲裁，可以委托仲裁机构出具意见，之后当事人不得再就劳动关系的存否申请仲裁，也不得对该仲裁机构的意见提起民事诉讼。相对方不申请仲裁不影响工伤认定程序的进行，劳动关系仲裁并非工伤认定的前置程序。
相对方可以向工伤认定机构所在的劳动社会保障部门的仲裁机构，或者所在辖区的县级仲裁机构申请对劳动关系进行仲裁。
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