审计发现，一些施工企业利用建设单位对建设工程结算知识的不足，无法有效监督工程结算过程。这些企业采用多计工程量、高套定额、重复计算工程量等手段，高估工程造价。
审计过程中发现，建设和施工双方在承包工程合同签订方面存在不规范的情况。有些合同与招投标文件相违背，或者按照投标文件内容逐一填写，特别是建筑规模和中标价方面，存在填写不完整或者不填写的现象。这给工程计价取费留下了漏洞，目的是为了在竣工后高报工程结算价格打下伏笔。这导致原本应该严格约束施工单位的合同失去了约束力，建设单位无法有效监督施工单位的工程报价，容易导致决算价格偏高，同时给工程结算审核带来了风险。
基建结算审计的目的是为了节省资金，降低基建成本，提高投资效益。然而，并不是所有建设单位都欢迎基建结算审计。一些建设单位的基建管理人员与施工单位产生经济关系，对审计结果存在顾虑。这些人认为审计核减额越大，说明自己工作中存在的问题越多。有时甚至出现施工单位认可的核减，而建设单位却不认可的情况。此外，一些建设单位为了降低工程成本，肢解工程项目，将一个本应完整的单项工程分包给多个施工单位。这不仅增加了工程成本，还指定基建材料和供应商，甚至代施工单位采购建筑材料，给工程造价审计带来了困难。
当前建筑材料市场存在不规范和价格混乱的问题。相同材质的材料价格存在差异，不同产地和渠道的材料价格也不同。市场价格差异悬殊，审计过程中发现材料的实际价格无法核实，成本难以确定。即使审核原始购货发票，也由于外部建筑材料市场的混乱使得真伪难辨，同时回扣和折扣普遍存在，增加了审计难度。
由于审计机关的技术力量和装备水平限制，工程结算审计无法做到全过程跟踪审计，也无法采取先进的检测手段。因此，审计所依赖的工程实施过程抽样检测资料主要依靠监理部门提供的监理日志。然而，审计发现监理单位提供的监理日志不能客观反映工程实施过程的真实情况。监理日志填写不规范，编造虚假记录，或者由监理资质不合格的人员编制，这些现象都表明监理单位没有按规定进行监理验收，存在“走过场”的情况，给工程结算审核带来了困难。
工程结算过程中存在的问题及其影响。包括施工企业对工程结算的操纵，不规范签订承包工程合同，建设单位的不正常举动，材料成本的不确定性和监理单位的不尽职等情况。这些问题导致了工程结算价格的高估、审核困难和投资效益下降等后果。
建设单位未按合同约结算工程款的，向人民法院主张工程款是受诉讼时效限制的，诉讼时效通常是3年。第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算
工程进度款是指在施工过程中，按逐月或其他标准完成的工程数量计算的各项费用总和。工程结算是指施工企业按照承包合同和已完工程量向建设单位办理工程价清算的经济文件。全名为工程价款的结算，是指施工单位与建设单位之间根据双方签订的合同所进行的工程合同价款结算，
依据我国相关法律的规定，工程施工合同的人工费用拨付周期可以由建设单位与施工总承包单位约定，但最长不能超过一个月。建设单位与施工总承包单位依法订立书面工程施工合同，应当约定工程款计量周期、工程款进度结算办法以及人工费用拨付周期，并按照保障农民工工资按时
