船舶吨税的计算根据船舶的净吨位和使用期来确定累进税额标准。一般税额标准适用于与中国没有贸易协定的国家。根据使用期的不同，分为90天期和30天期两种。
对于90天期的船舶，机动船按净吨位从500吨以下至1千吨以上划分为5级，税额标准为每吨15元至45元；非机动船从30吨以下至150吨以上分为3级，每吨0.7元至1.05元。
对于30天期的船舶，按照90天期的税额标准减半确定。
优惠税额标准也分为90天期和30天期两种。对于90天期的船舶，机动船按净吨位从500吨以下至1千吨以上划分为5级，税额标准为1.1元至32元；非机动船从30吨以下至150吨以上分为3级，每吨0.5元至0.75元。
对于30天期的船舶，机动船按照90天期的税额标准减半确定；非机动船从50吨至150吨以上分为3级，每吨0.25元至0.4元。
船舶吨税的计算公式为：应纳税额=应税船舶净吨位×税额标准-速算扣除数。
(1) 吨税由海关负责征收。
(2) 纳税义务发生时间为应税船舶进入境内港口的当日。
(3) 纳税期限：
① 应税船舶负责人应当自海关填发吨税缴款凭证之日起15日内向指定银行缴清税款。
② 纳税人未按期缴清税款的，自滞纳税款之日起，按日加收滞纳金，滞纳金的计算比例为0.5‰。
(4) 多退少补：
① 海关发现少征或者漏征税款的，应当自应税船舶应当缴纳税款之日起1年内，补征税款。
② 因应税船舶违反规定造成少征或者漏征税款的，海关可以自应当缴纳税款之日起3年内追征税款，并自应当缴纳税款之日起按日加征少征或者漏征税款0.5‰的滞纳金。
③ 海关发现多征税款的，应当立即通知应税船舶办理退还手续，并加算银行同期活期存款利息。
④ 应税船舶发现多缴税款的，可以自缴纳税款之日起1年内以书面形式要求海关退还多缴的税款并加算银行同期活期存款利息。
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