非法扣押车辆的赔偿标准是根据停运期间的损失来确定的。如果车主无法提供相关证据，可以参考当地上年度运输行业收入标准进行确定。每年省统计部门都会发布各行业收入报告，可以以该报告中的行业收入作为依据。
为了维护社会主义经济秩序，公安机关应当依法处理对经济纠纷无关的第三方所有机动车辆的非法扣留行为，并坚决制止此类行为。对行为人根据不同情况进行相应处罚，并无条件返还被扣车辆给所有人或使用人。
如果情节轻微，尚不够刑事处罚的，根据《治安管理处罚条例》第二十七条第四项的规定进行处罚。如果公安机关责令继续实施扣押的，根据《刑法》第一百五十九条的规定追究破坏交通秩序罪的刑事责任。
如果情节轻微，尚不够刑事处罚的，根据《治安管理处罚条例》第二十四条第五项的规定进行处罚。如果公安机关责令拒不返还所扣车辆的，根据《刑法》第一百五十一条和第一百五十二条的规定追究抢夺罪的刑事责任。
根据《刑法》第一百五十条的规定追究抢劫罪的刑事责任。
根据《刑法》第一百五十四条的规定追究敲诈勒索罪的刑事责任。
除了上述处罚，非法扣留者还需负责赔偿被扣车辆造成的损毁。
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