在公司倒闭后，拖欠农民工工资的问题需要按照破产程序进行处理。根据法律规定，破产财产的清偿顺序是优先清偿破产费用和共益债务。
在破产财产清偿破产费用和共益债务后，按照以下顺序进行清偿：
破产人所欠职工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入职工个人账户的基本养老保险和基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
破产人欠缴的社会保险费用和破产人所欠税款，除前一项规定以外。
普通破产债权。
按照上述顺序进行清偿，如果破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求，应按比例分配。
以下是公司破产程序的一般步骤：
股东会应当做出解散公司的决议。
在解散公司后的十五日内，应成立清算组开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成。清算组在清算期间行使以下职权：
清理公司财产，编制资产负债表和财产清单。
通知、公告债权人。
处理与清算有关的未了结业务。
清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款。
清理债权和债务。
处理公司清偿债务后的剩余财产。
代表公司参与民事诉讼活动。
清算组应在成立后十日内通知债权人，并在六十日内在报纸上公告。债权人应在接到通知书后的三十日内申报其债权。申报债权时，债权人应说明债权的相关事项并提供证明材料。清算组应对债权进行登记。在申报债权期间，清算组不得对债权人进行清偿。
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应制定清算方案，并报股东会、股东大会或人民法院确认。公司财产在分别支付清算费用、职工工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配。清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。在未按规定清偿前，公司财产不得分配给股东。
如果清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后发现公司财产不足以清偿债务，应依法向人民法院申请宣告破产。经人民法院裁定宣告破产后，清算组应将清算事务移交给人民法院。
公司清算结束后，清算组应制作清算报告，并报股东会、股东大会或人民法院确认，并报送公司登记机关申请注销公司登记，并公告公司终止。
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