第三人撤销之诉与案外人申请再审制度都是为权益受到侵害的案外第三人提供救济途径维护自己合法权益的制度。但两者在本质、适用主体范围、提起事由以及适用范围上存在诸多差异，应准确予以区分。
1.两种制度的立法背景相同。《关于适用中华人民共和国民事诉讼法审判监督程序若干问题的解释》第五条创设了案外人申请再审制度，为虚假诉讼中合法权益受到侵害的第三人提供申请再审的救济途径。而随着虚假诉讼侵害第三人的情形愈演愈烈，仅靠案外人申请再审制度已无法解决现实存在的难题，因此法律增设了第三人撤销之诉，两者并存，共同保护受不法侵害的第三人的利益。
2.两者针对的都是已生效的裁判。再审程序是针对已生效裁判的纠错程序，若裁判不生效，再审程序就无法启动。对于第三人撤销之诉，若裁判不生效，第三人可通过法律赋予的事前救济程序即参与诉讼，行使诉讼权利，维护自己的利益，亦无需提起撤销之诉。由此可知，两者都是对生效裁判产生冲击的救济程序。
3.两者都是案外人救济其权利的非常救济措施。由于两种制度针对的都是已发生法律效力的判决、裁定、调解书，为平衡生效裁判的安定性与维护受侵害第三人合法权益之间的矛盾，将两种制度在程序性质上都定性为特殊的救济程序。
1.两者适用主体不同。新《民事诉讼法》第56条第3款可知，第三人撤销之诉的原告为“因不能归责与本人的事由未参加诉讼”的有独立请求权的第三人和无独立请求权的第三人。对于无独立请求权的第三人，在我国主要分为辅助性第三人和被告型第三人。对于辅助性第三人，其主要在于辅助一方当事人参加诉讼，并不承担实体义务，此类第三人不符合第三人撤销之诉中“发生法律效力的判决、裁定、调解书的部分或者全部内容错误，损害其民事权益的”条件，故该类第三人不能提起撤销之诉。对于被告型第三人主要是法院依职权追加的第三人，由于很有可能承担民事责任，故只要其满足“因不能归责于本人的事由未参加诉讼”，即可通过撤销之诉维护自己的合法权利。
在第三人申请再审中，根据案外人对执行标的物主张权利的性质不同，其案外人的情形也不同。根据学界的主流观点，主要包括物权中的所有人和准所有人。主要包括所有权人、担保物权人、用益物权人、法定诉讼担当人等。第三人申请再审的适用主体可能包括有独立请求权的第三人和无独立请求权的第三人。但其范围远远大于第三人撤销之诉适用主体的范围。
2.两者制度的适用程序不同。
第三人撤销之诉的第三人是诉讼程序之外的第三人，他在生效裁判对其合法权益造成侵害的过程中并没有参加到原诉讼中，法律即赋予他撤销原生效裁判的权利，第三人行使这种撤销权在本质上是启动了一个以原诉讼原、被告为共同被告的新的诉讼，是为救济其权利的第一次诉讼，若该诉讼中的当事人不服第一审裁判，当事人仍可上诉，其上诉权有充分的保障。
案外人申请再审制度，它是特别的纠错程序，若案外第三人发现已生效的裁判在程序上有瑕疵或存在实体依据的缺失，损害的第三人的合法权益，第三人即可申请再审，若法院同意再审申请，启动再审程序，案件即根据原审审级适用第一审程序或第二审程序。在适用一审程序时，若当事人不服一审判决可上诉，若适用的是二审程序，则裁判即为终审裁判。
3.两者提起的事由不同。
第三人撤销之诉中只要生效裁判损害了第三人的利益，第三人即可提起撤销之诉维护自己的合法权益。
而在第三人申请再审中，以“纠纷解决过程中的程序瑕疵和实体依据缺失”为提起事由。只要案外人认为已生效的裁判的审判活动存在程序瑕疵或作出裁判的实体法律依据不足，即可申请法院再审，若事由成立，就可以启动再审程序。
从前面的分析可以看出，第三人撤销之诉与案外人申请再审制度在立法背景等方便存在相似之处，同时也存在诸多不同，为了最大限度的实现两种制度各自的立法目的。在实践选择适用程序时，应当从案件本身的特点出发选择正确的适用程序。若出现两种制度竞合的情形，为避免司法资源的浪费，只能选择其一予以适用，不能同时适用两种程序。在选择适用时，应当在尊重当事人的程序选择权前提下，对其选择适用程序进行适当的引导，以期更快、更有效地解决纠纷。
1.如果案外人在原案件执行过程中发现已生效的判决、裁定、调解书有错误，对自己的合法权益造成损害的，可以优先适用案外人申请再审制度，因为在执行阶段，中止执行是保障案外人的合法权益能够得到救济最有力的措施。而第三人撤销之诉是一个新诉，若案外人提起撤销之诉，在该诉审查、审理过程中不能停止原诉判决的执行，在这种情况下若原诉已执行完毕，则会加大案外人权利救济的难度。
2.如果案外人在原审判决、裁定、调解书进入执行阶段之前就发现已生效的裁判损害了自己的合法权益的，可以优先适用第三人撤销制度。因为在这种情况下，原案件生效裁判并未进入执行程序，第三人只需通过新诉请求法院作出新的裁判，撤销对其造成不利影响的元裁判即可维护其合法权益，无需通过再审申请，启动再审程序。因为启动再审程序需按照原审程序对原审整个案件进行重新审理，大大降低了解决纠纷的效率。
3.如果发现案件是原审当事人之间恶意合谋以损害第三人合法利益行为的情形，案外第三人由于不能归责于自己的事由未参加诉讼的，第三人直接提起撤销之诉即可。因为在这种情况下，原审案件根本就没有审理的必要，无需再通过申请启动再审程序进行审理，只需要直接撤销即可。
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