存单纠纷案件的管辖权归属于被告人民法院或者出具存单、进帐单、对帐单或与当事人签订存款合同的金融机构住所地人民法院。如果住所地与经常居住地不一致，那么经常居住地人民法院将具备管辖权。
(一) 认定
一般存单纠纷案件是指当事人以存单、进帐单、对帐单、存款合同等凭证为主要证据向人民法院提起诉讼的案件，以及金融机构向人民法院提起的确认存单、进帐单、对帐单、存款合同等凭证无效的存单纠纷案件。
(二) 处理
在审理一般存单纠纷案件时，人民法院除了需要审查存单、进帐单、对帐单、存款合同等凭证的真实性外，还需要审查持有人与金融机构之间存款关系的真实性。人民法院将以存单、进帐单、对帐单、存款合同等凭证的真实性，以及存款关系的真实性为依据，做出正确的处理。
1. 持有人以上述真实凭证为证据提起诉讼时，金融机构应对持有人与金融机构之间是否存在存款关系负举证责任。如果金融机构能够提供充分证据证明持有人未向金融机构交付上述凭证所记载的款项，那么人民法院应认定持有人与金融机构之间不存在存款关系，并判决驳回原告的诉讼请求。
2. 持有人以上述真实凭证为证据提起诉讼时，如果金融机构不能提供证明存款关系不真实的证据，或者仅以金融机构底单的记载内容与上述凭证记载内容不符为由进行抗辩，那么人民法院应认定持有人与金融机构之间存款关系成立，金融机构应承担兑付款项的义务。
3. 持有人以与真实凭证在样式、印鉴、记载事项上有别的瑕疵凭证提起诉讼时，持有人应对瑕疵凭证的取得提供合理的陈述。如果持有人对瑕疵凭证的取得提供了合理陈述，而金融机构否认存款关系的存在，那么金融机构应对持有人与金融机构之间是否存在存款关系负举证责任。
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