环境保护行政执法主要包括行政检查、监督、行政许可和行政审批、行政处罚以及行政强制执行等四种方式。
1. 遗漏行政相对人：环境保护行政机关在具体行政行为中未将所有行政管理相对人列入，导致其他共有人的合法权益受损，同时也未查清违法事实。
2. 错列行政管理相对人：环境保护行政机关在具体行政行为中错误列写行政管理相对人，将与行政管理相对人有关系的人或其他人作为被处罚人，放纵了违法行为。
3. 环境保护行政执法主体错误：在委托执法中，实施行政行为的责任机关应该是委托机关，但在具体行政行为中却以被委托的行政主体名义实施，存在错误。
4. 执法程序不规范甚至违法：环境保护行政机关在查处案件中，由于法律意识差、法律法规知识欠缺，对必要的处理手续不重视，简化执法程序，导致程序流于形式或不存在，调查内容不清，缺乏案件调查笔录和违法事实的证据，环境监测数据未依法取样和告知，未告知当事人陈述申辩和听证的权力等问题，法律文书未依法送达，未认定事实。
5. 滥用自由裁量权：环保行政执法人员滥用自由裁量权，根据单位负责人的交待或处理的行政管理相对人与自己的关系，给予不立案不处罚或最高额处罚的处罚，接受相对人的宴请或礼物，以管理相对人的态度决定处罚，甚至加重处罚。
6. 适用法律不准确、错误或无依据：由于案件事实和证据问题，导致适用法律错误。环境保护行政执法人员在适用法律时，未收集足够证据直接适用某法条，或者收集部分证据符合某法条的一个要件而适用该法条，实际上应适用他法。此外，执法时适用的法律与其他法律、法规相抵触的情况也时有发生。
1. 加强行政执法人员的法律法规培训，提高法律意识和法律知识水平，确保执法程序规范。
2. 环境保护行政机关应严格按照法律规定列出所有行政管理相对人，确保公正执法。
3. 环境保护行政机关应正确区分行政管理相对人，避免将与其关系不大的人错误列为被处罚人。
4. 委托执法时，环境保护行政机关应确保实施行政行为的责任机关是委托机关，避免出现行政主体错误的情况。
5. 环境保护行政机关应加强对执法程序的监督，确保程序规范和合法性。
6. 加强对行政执法人员的监督和管理，防止滥用自由裁量权的情况发生。
7. 环境保护行政执法人员应准确适用法律，避免适用错误或无依据的法律，确保执法公正。
通过以上对环境保护行政执法中存在问题的剖析，并提出相应的对策，可以有效解决环境保护行政执法工作中的法律问题，推动环境保护工作的开展。
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