根据《住房城乡建设部关于建设工程企业发生重组、合并、分立等情况资质核定有关问题的通知》的规定，对于两个公司合并后的资质保留有以下情况：
在一个企业吸收另一个企业的情况下，被吸收企业已办理工商注销登记并提出资质证书注销申请，合并后的企业可以申请继承被吸收企业的资质。
在有资质的几家企业合并重组为一个新企业的情况下，原有企业已办理工商注销登记并提出资质证书注销申请，新企业可以申请承继原有企业的资质。
对于被吸收企业或原企业短期内无法办理工商注销登记的情况，在提出资质注销申请后，合并后的企业可以获得一定有效期的资质证书。如果在有效期内完成工商注销登记，可以按规定换发有效期为5年的资质证书；如果逾期未提出申请，其资质证书将作废，企业需要按照相关规定重新核定资质。
公司合并时必须通知债务人的法律规定，介绍了公司合并的具体程序，包括提出合并方案、股东会决议、相关部门批准、签订合并协议等步骤，以及在合并过程中如何通知和公告债权人，最后办理相关的工商登记手续。
全资子公司的吸收合并操作，包括注销与资产转移流程及其在会计上的处理方式。非全资子公司需先收购少数股权成为全资子公司后再进行吸收合并。对于控股有限公司内部的全资子公司之间的吸收合并，可简化流程，按照相关法规操作即可。
公司合并是否需要缴纳契税的问题。根据相关法律法规和财税部门的规定，如果公司合并符合一定条件，且合并后的公司承受了原公司的土地和房屋权属且原投资主体仍然存在，那么合并后的公司不需要缴纳契税。这一政策对于促进企业事业单位改制重组具有积极意义。
中国企业合并存在的法律问题，主要包括立法漏洞、立法不统一、相互矛盾以及市场不完善、中介机构不发达、政府过度干预等方面。由于企业合并法律法规不完善，导致合并过程中存在诸多不确定性和风险。同时，不同类型企业使用不同的企业立法，造成企业合并立法的分散和不统
