在对环境污染损失进行评估时，一般可以选择司法鉴定或者专业的评估机构进行。
环境污染罪的认定必须是违反国家规定的行为。而所谓违反国家规定，是指违反国家关于环境保护的法律、法规、条例以及与环境保护有关的标准、规程等。国家关于环境保护的法律主要包括环境保护法、水污染防治法、大气污染防治法、海洋环境保护法、固体废物污染环境防治法等法律，以及我国参加的国际公约等。
环境污染罪的认定必须涉及到向环境中排放、倾倒或者处置危险废物的行为。具体来说，这些行为主要指的是向土地、水体、大气排放、倾倒或者处置放射性的废物、含传染病原体的废物、有毒物质或者其他危险废物。土地、水体、大气构成了我们生活的环境。土地包括耕地、林地、草地、荒地、山岭、滩涂、河滩地及其他陆地。水体是指中华人民共和国领域内的江河、湖泊、运河、渠道、水库等地表水体以及地下水体，还包括内海、领海以及中华人民共和国管辖的一切其他海域。而大气则是指包围地球的空气层总体。至于危险废物的处理方式主要有排放、倾倒和处置三种。排放是指将危险废物排入水体、大气的行为，包括泵出、溢出、泄出、喷出和倒出等行为。倾倒是指通过船舶、航空器、平台或者其他运载工具，向土地、水体倾洒、堆积、放置危险废物的行为。而处置则主要是指以焚烧、填埋等方式处理危险废物的活动。放射性废物、含传染病原体的废物、有毒物质或者其他危险废物都可以被称为危险废物。而废物的形态包括废气、废渣、废水、污水、废弃物等多种形式。放射性废物是指放射性核素含量超过国家规定限值的固体、液体和气体废弃物。含传染病原体的废物是指含有传染病病菌的污水、粪便等废弃物。而有毒物质主要指对人体有毒害，可能对人体健康和环境造成严重危害的固体、泥状及液体废物。其他危险废物则是指列入国家危险废物名录或者根据国家规定的危险废物鉴别标准和鉴别方法认定的具有危险特性的废物。需要注意的是，我国尚未颁布国家危险废物名录，实践中主要参考《控制危险废物越境转移及其处置巴塞尔公约》所列的危险废物名录。
环境污染罪的认定必须涉及到造成重大环境污染事故，致使公私财产遭受重大损失或者人身伤亡的严重后果。所谓重大环境污染事故是指违反国家规定，向土地、水体、大气排放、倾倒或者处置放射性的废物、含传染病原体的废物、有毒物质或者其他危险废物，给环境造成巨大的恶劣影响，致使多人发生明显中毒症状、辐射伤害或者可能导致伤残后果，或者对环境造成较大危害，使公私财产遭受重大损失的情形。
在目前适用的法律中，涉及到环境污染损害赔偿方面的法律规定有以下几部：
1986年4月12日第六届全国人民代表大会第四次会议通过，其中第一百二十四条规定：“违反国家保护环境防止污染的规定，污染环境造成他人损失的，应当依法承担民事责任”。
1989年12月26日第七届全国人民代表大会常务委员会第十一次会议通过，其中第四十一条规定：“造成环境污染危害的，有责任排除危害，并对直接受到损害的单位或者个人赔偿损失。赔偿责任和赔偿金额的纠纷，可以根据当事人的请求，由环境保护行政主管部门或者其他依照法律规定行使环境监督管理权的部门处理；当事人对处理决定不服的，可以向人民法院起诉。当事人也可以直接向人民法院起诉。”
1984年5月11日第六届全国人民代表大会常务委员会第五次会议通过，1996年5月15日第八届全国人民代表大会常务委员会第十九次会议修正，其中第五十五条规定：“造成水污染危害的单位，有责任排除危害，并对直接受到损失的单位或者个人赔偿损失。赔偿责任和赔偿金额的纠纷，可以根据当事人的请求，由环境保护部门或者交通部门的航政机关处理；当事人对处理决定不服的，可以向人民法院起诉。当事人也可以直接向人民法院起诉。”
1996年10月29日第八届全国人民代表大会常务委员会第二十二次会议通过，其中第六十一条规定：“受到环境噪声污染危害的单位和个人，有权要求加害人排除危害；造成损失的，依法赔偿损失。赔偿责任和赔偿金额的纠纷，可以根据当事人的请求，由环境保护行政主管部门或者其他环境噪声污染防治工作的监督管理部门、机构调解处理；调解不成的，当事人可以向人民法院起诉。当事人也可以直接向人民法院起诉。”
2000年4月29日第九届全国人民代表大会常务委员会第十五次会议通过，其中第六十二条规定：“造成大气污染危害的单位，有责任排除危害，并对直接遭受损失的单位或者个人赔偿损失。赔偿责任和赔偿金额的纠纷，可以根据当事人的请求，由环境保护行政主管部门调解处理；调解不成的，当事人可以向人民法院起诉。当事人也可以直接向人民法院起诉。”
1999年12月25日第九届全国人民代表大会常务委员会第十三次会议修订通过，其中第九十条规定：“造成海洋环境污染损害的责任者，应当排除危害，并赔偿损失；完全由于第三者的故意或者过失，造成海洋环境污染损害的，由第三者排除危害，并承担赔偿责任。对破坏海洋生态、海洋水产资源、海洋保护区，给国家造成重大损失的，由依照本法规定行使海洋环境监督管理权的部门代表国家对责任者提出损害赔偿要求。”
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