刑事诉讼是处于平等对抗地位、有纠纷的双方向处于中立地位的裁判方告诉其纠纷，并请求裁判方解决其纠纷的活动。
(一)具体分类中不适合由法院受理的案件。
自诉案件因为当事人缺乏收集证据的能力，因此我国几乎所有的自诉案件由法院受理都存在问题。
1、告诉才处理的犯罪。
侵占罪。侵占罪不宜作为自诉案件理由是明显的。
调查取证困难。侵占罪清洁简单并且隐蔽性强，不经公安机关侦查难以取证，受害人同样难以承担取证责任，在侵占人拒不承认侵占事实的情况下，被害人往往无能为力。现实中被害人往往在侵占事实发生后向景-方报案，而由于管辖原因，公安机关处理此类案件无法可依。同时，侵占罪侵害的对象是不特定第三人，或者国家集体的时候，把侵占罪列为自诉罪名，难以保护国家利益，因为现实中没有人具有自诉资格。
2、人民检察院没有提起公诉，被害人有证据证明的轻微的刑事案件。
其中，重婚罪无论在何种情况下都不适合作为自诉案件处理。重婚罪破坏了婚姻法基本原则，社会危害性极大，不适用自诉处理。本规定其他罪名的自诉同样存在被害人难以举证的困难。
3、被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。
此类案件不应属于自诉案件，原因是此类案件一般性质严重、情节复杂，侦查取证有一定难度，在经过追诉机关侦查或者审查起诉后尚未获得确实充分的证据，凭借被害人个人力量取证的难度可想而知。
(二)、三机关包括公安机关与法院、法院与检察院、公安机关与检察院之间案件的管辖问题上因为分工不明确和案件的复杂性而存在难以协调的矛盾。
虽然六部委规定第1条第6项规定：公安机关侦查刑事案件涉及人民检察院管辖的贪污贿赂案件时，应当将贪污贿赂案件移送人民检察院;人民检察院侦查贪污贿赂案件涉及公安机关管辖的刑事案件，应当将属于公安机关管辖的刑事案件移送公安机关。如果涉嫌主罪属于公安机关管辖，由公安机关为主侦查，人民检察院予以配合;如果涉嫌主罪属于人民检察院管辖，由人民检察院为主侦查，公安机关予以配合。但是在现实中多家侦查机关共同侦查刑事案件以及因为经济利益等原因，经常造成职能管辖错误。
最高人民法院核准的死刑判决和高级人民法院核准的死刑缓期执行判决
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