根据《国家税务总局关于商业零售企业存货损失税前扣除问题的公告》(国家税务总局公告2014年第3号)的规定：
1.商业零售企业存货因零星失窃、报废、废弃、过期、破损、腐败、鼠咬、顾客退换货等正常因素形成的损失，为存货正常损失，准予按会计科目进行归类、汇总，然后再将汇总数据以清单的形式进行企业所得税纳税申报，同时出具损失情况分析报告。
2.商业零售企业存货因风、火、雷、震等自然灾害，仓储、运输失事，重大案件等非正常因素形成的损失，为存货非正常损失，应当以专项申报形式进行企业所得税纳税申报。
3.存货单笔(单项)损失超过500万元的，无论何种因素形成的，均应以专项申报方式进行企业所得税纳税申报。
4.本公告适用于2013年度及以后年度企业所得税纳税申报。
过期产品的增值税处理：不属于“非正常损失”，不作进项税额转出
《增值税暂行条例实施细则》规定：非正常损失是指为生产经营过程中正常损耗外的损失，包括自然灾害损失、因管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质等损失、其他非正常损失。
企业产品过了保质期没有售出，不属于自然灾害损失，也不属于管理不善的损失，因此，不属于非正常损失。
很多地方税务部门在具体执行中，对货物因超过保质期而变质的税务处理作了明确的规定，如《青海省国家税务局关于增值税有关业务问题的通知》(青国税函〔2006〕113号)规定，有保质期的货物因过期报废而造成的损失，除责任事故以外，不属于《增值税暂行条例》和《实施细则》规定的非正常损失，准予从销项税额中抵扣其进项税额。云南省也曾以云国税增字〔1996〕3号文作过类似规定。
因此，根据上述规定，该制药企业对其超过保质期应毁销的已售或库存的药品，不同于“因管理不善造成的霉烂变质”，不属于非正常损失，不需要作进项税额转出处理。
过期产品所得税处理：按规定办理专项申报手续可税前扣除
根据《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》(国家税务总局公告[2011]第25号)规定，企业资产损失按其申报内容和要求的不同，分为清单申报和专项申报两种申报形式。其中，属于清单申报的资产损失，企业可按会计核算科目进行归类、汇总，然后再将汇总清单报送税务机关，有关会计核算资料和纳税资料留存备查;属于专项申报的资产损失，企业应逐项(或逐笔)报送申请报告，同时附送会计核算资料及其他相关的纳税资料。企业因特殊原因不能再规定的时限内报送相关资料的，可以向主管税务机关提出申请，经主管税务机关同意后，可适当延期申报。
下列资产损失，应以清单申报的方式向税务机关申报扣除：
(一)企业在正常经营管理活动中，按照公允价格销售、转让、变卖非货币资产的损失;
(二)企业各项存货发生的正常损耗;
(三)企业固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失;
(四)企业生产性生物资产达到或超过使用年限而正常死亡发生的资产损失;
(五)企业按照市场公平交易原则，通过各种交易场所、市场等买卖债券、股票、期货、基金以及金融衍生产品等发生的损失。
可见，企业产品过保质期，不属于增值税暂行条例中规定的“非正常损失”，不需要进项税额转出;企业因产品过期发生的存货报废损失，按规定办理专项申报手续后才可税前扣除。
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