在启动次序上，医疗事故技术鉴定要先于医疗过错司法鉴定。只有在经过医疗事故技术鉴定后确定不构成医疗事故的情况下，才能进行医疗过错司法鉴定。
医疗事故技术鉴定的首次委托只能由当地设区的市级医学会进行，再次鉴定只能委托所属省级医学会。在必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国范围内具有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。因此，医疗事故技术鉴定具有明显的地域性和层级性。而医疗过错司法鉴定不受地域范围的限制，各鉴定机构之间也没有隶属关系。
医疗事故技术鉴定时，医学会应根据医疗事故争议所涉及的学科专业，确定专家鉴定组的构成和人数。专家鉴定组进行医疗事故技术鉴定时，实行合议制。
而司法鉴定则由鉴定机构指定或选择两名司法鉴定人共同进行鉴定。在进行鉴定过程中，司法鉴定机构遇到特别复杂、疑难或特殊技术问题时，可以向本机构以外的相关专业领域的专家进行咨询。然而，最终的鉴定意见必须由本机构的司法鉴定人出具。
医疗事故技术鉴定书只盖有医学会医疗事故技术鉴定专用印章，专家鉴定组成员并不在鉴定书上签字。因此，专家鉴定组成员不可能出庭接受当事人质询，这是医疗事故技术鉴定书作为证据使用的明显缺陷。
相比之下，医疗过错司法鉴定实行鉴定人负责制，司法鉴定应由司法鉴定人签名或盖章。司法鉴定人经人民法院依法通知后，应出庭作证，回答与鉴定事项相关的问题。
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医疗事故技术鉴定的程序和组织规定。鉴定程序由专家鉴定组组长主持，包括双方当事人陈述、专家提问、讨论和形成鉴定结论等步骤。根据《医疗事故处理条例》的规定，卫生行政部门应组织医学会进行医疗事故技术鉴定，并设立专家库。当事人对首次鉴定结论不服的，可申请再次
医疗事故鉴定的申请和鉴定程序以及病历处理原则。在申请和鉴定程序中，包括病员或家属的申请、医疗单位的接待、鉴定时限、医务人员工作期间的医疗事件处理、尸体解剖、鉴定申请、解决协议等方面进行了详细说明。在病历处理原则中，涉及保管和封存、摘抄和补记、提供资料
医疗事故鉴定费用的支付方式及标准。根据不同情况，鉴定费用的支付责任由不同的当事人承担。首次鉴定和再次鉴定的收费原则及办法也有所不同，具体收费标准因地区而异，可咨询当地鉴定部门或律师。
医学会不予受理医疗事故鉴定的条件。医学会对于不符合特定条件，例如当事人直接申请或涉及多个医疗机构等情形，将不予受理医疗事故技术鉴定，并详细说明不受理的理由。同时，还规定了其他情形如非法行医造成患者身体健康损害等，医学会同样不会受理相关鉴定申请。
