借款协议中是可以设定担保条款的，但是也有一些注意事项。
借款合同中担保条款应注意以下情况：
一、担保方式不明确。
担保方式分为一般保证和连带责任保证。当事人对保证方式没有约定或者约定不明确的，承担连带保证责任。
二、担保范围约定不明确。
保证担保的范围包括主债权及利息、违约金、损害赔偿金和实现债权的费用。
当事人对保证担保的范围没有约定或者约定不明确的，保证人应当对全部债务即上述所有项目上承担责任。
三、担保期限规定不清楚。
保证合同约定的保证期间早于或者等于主债务履行期限的，视为没有约定，保证期间为主债务履行期届满之日起六个月；保证合同约定保证人承担保证责任直至主债务本息还清时为止等类似内容的，视为约定不明，保证期间为主债务履行期届满之日起二年。
一般保证的保证人与债权人未约定保证期间的，保证期间为主债务履行期届满之日起六个月；连带责任保证的保证人与债权人未约定保证期间的，债权人有权自主债务履行期届满之日起六个月内要求保证人承担保证责任。
法律依据：
《中华人民共和国担保法》第二条
在借贷、买卖、货物运输、加工承揽等经济活动中，债权人需要以担保方式保障其债权实现的，可以依照本法规定设定担保。
本法规定的担保方式为保证、抵押、质押、留置和定金。
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