撤销行政行为可以由有权机关依据法定职权主动做出，也可以因行政相对人不服提出复议或诉讼请求后凭生效法律文书做出。不动产登记撤销因此可以依申请或依职权启动，依申请即由申请人提起行政复议或诉讼后凭生效法律文书申请撤销登记，依职权撤销则由登记机构在自我认定登记有误的前提下启动撤销登记。
根据《行政诉讼法》第70条的规定，行政行为具有以下情形之一的，人民法院可以判决撤销或部分撤销，并可以要求被告重新做出行政行为：
对于不动产登记而言，为了减少诉讼的负担，节约行政资源，可以参照司法判决标准，依职权撤销登记。
并非所有的生效法律文书都可以用于撤销登记。如果登记簿已记载第三人为权利人，不能轻易行使撤销登记。在行政诉讼中，法院一般只对行政行为的合法性进行判断，并不考虑是否存在善意第三人。只有在行政判决中已对第三人进行认定后的法律文书生效，登记机构才能依此撤销登记。此外，对于已经办理登记但买卖双方协议解除合同的情况，也不能予以撤销登记。因为合同是登记的主要原因文件，合同的解除是债权债务的解除，而经双方申请进行不动产登记后债权已转化为物权，双方的债权目的已经达到，不能再通过合同的解除达到撤销物权的目的。
只有在证据确凿的情况下，登记机构才能依职权撤销登记。因为撤销登记也是一种行政行为，稍有不慎就可能引发行政诉讼。实践中常见的依职权撤销登记情形包括被他人举报原申请不实以及登记机构自行发现登记重复等。
有些登记由于登记机构把关不严会一错再错。例如，当事人房改购房时为取得购房资格以父母名义申请并伪造父母单位公章取得房改房，再将房产转移到当事人自己名下，此时仍伪造父母签章，导致两次转移登记均为申请不实。登记机构应依此撤销两次转移登记，直到将此房恢复到房改前的单位名下为止。
一旦撤销新建商品房转移登记，权利人将复原为开发商。由于转移登记以网备商品房合同为主要原因文件，因此在认定登记所依据的合同为无效等原因下，撤销登记后应同时解除合同备案，将楼盘表中的楼盘状态从已售恢复到未售状态，以保持登记和交易信息的一致。
撤销登记应遵循一定的标准和程序，以保障当事人的知情权。首先，要查实证据，确实证明当初登记的原因文件存在重大不足或虚假。其次，要在撤销前通知登记簿上的名义权利人，让其知晓将要撤销登记的事实，并保障其在一定期限内有权提供证据对撤销登记提出异议，同时起到催促其主动申请撤销并提交权证的作用。最后，在收不回权证的情况下，应公告作废权证。最终，要履行撤销登记行为，将不动产权利恢复到登记前的状态。
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