法律对工程审计报告保管的期限没有作出规定，如果作为档案保存的，至少要保存30年。
《中华人民共和国档案法》第十九条
国家档案馆保管的档案，一般应当自形成之日起满三十年向社会开放。经济、科学、技术、文化等类档案向社会开放的期限，可以少于三十年，涉及国家安全或者重大利益以及其他到期不宜开放的档案向社会开放的期限，可以多于三十年，具体期限由国家档案行政管理部门制订，报国务院批准施行。
档案馆应当定期公布开放档案的目录，并为档案的利用创造条件，简化手续，提供方便。
中华人民共和国公民和组织持有合法证明，可以利用已经开放的档案。
1、审计合同履行情况。
审计与建设项目有关的单位是否认真履行合同条款，有无违法分包、转包工程。如有变更、增补、转让或终止情况，应检查其真实性、合法性。
2、审计内控制度建立、执行情况。
审计建设单位是否建立健全并执行了各项内控制度。如工程签证、验收制度;设备材料采购、价格控制、验收、领用、清点制度;费用支出报销制度等。应督促、指导建立完善的管理制度，保证项目建设规范运行、建设资金合法使用。
3、审计工程设计变更、施工现场签证手续是否合理、合规、及时、完整、真实;工程预算款及结算是否按合同办理;
4、审计工程成本核算及账务处理是否符合《国有建设单位会计制度》的要求，是否有利于建设项目的管理及竣工决算的需要;建设资金到位情况是否与资金筹集计划或投资进度相衔接，有无大量资金闲置、或因资金不到位而造成停工待料等损失浪费现象。
5、检查建设资金是否专款专用;是否按照工程进度付款;有无挤占、挪用建设项目资金等问题;对往来资金数额较大且长时间不结转的预付工程款、预付备料款要查明原因，防止出现超付工程款现象;审计建设单位管理费的计取范围和标准是否符合有关规定，费用支出是否符合"必须、节约"的原则，有无超出概算控制金额的情况。
6、加强设备、材料价格控制，尤其要对建设单位关联企业所供设备、材料的价格进行检查，防止从中加价。对已购设备、材料因故不能使用的，要分析原因，分清责任，并督促建设单位及时处理，避免造成更大的损失。属政府采购的设备、材料是否按相应规定办理。
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