1、用人单位无故克扣劳动者工资，劳动者向劳动仲裁机构申请劳动仲裁的，申请劳动仲裁程序如下：
(1)、准备劳动仲裁材料，如申请书;劳动关系成立证明;拖欠工资证据等;
(2)、确定劳动仲裁机构后，向劳动仲裁机构提交材料，申请劳动仲裁;
(3)、劳动仲裁机构对申请材料进行审查，符合仲裁条件，受理案件，确定开庭的时间。
2、法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十八条、第二十九条
1、调解。申请劳动仲裁，需要向当地的仲裁委员会提交仲裁申请书。若双方当事人均同意调解的，会先行组织调解。经过调解达成一致意见后，仲裁委员会会做出调解书，此时程序终止。
2、撤诉。申请人在仲裁期间若不想进行劳动仲裁之后，可以自行撤诉。若开庭申请人无正当理由不到庭的，可会按照撤诉处理。撤诉之后，仲裁委都会出具仲裁决定书。
3、裁决。调解不成的，申请人在仲裁期间也没有提出撤诉时，仲裁委会在规定的时间内做出仲裁裁决书。仲裁裁决之后并非案件的终结，若申请人不服或者被申请人对裁决结果不认可时，可以自行到人民法院起诉。
向法院申请仲裁条款无效的相关问题。根据《仲裁法》规定，当事人可在特定情形下向法院申请仲裁无效或撤销。如仲裁协议存在口头订立、超出法定仲裁范围、无民事行为能力人订立、一方胁迫订立，或未明确规定仲裁事项和选定仲裁委员会等情形，仲裁协议将被视为无效。当事人
仲裁裁决的方式。仲裁裁决由仲裁庭根据仲裁法规定作出，主要包括按多数仲裁员的意见作出和按首席仲裁员的意见作出两种形式。当仲裁庭无法形成多数意见时，裁决将按照首席仲裁员的意见作出。
劳动仲裁庭审笔录的查阅问题。单位签字认可的庭审笔录具有法律效力，除非有证据推翻其自认事实。当事人或其代理人有时需要查阅劳动仲裁阶段的庭审笔录，进入诉讼阶段时这是被允许的。劳动争议仲裁一般应当公开进行，但也存在不公开的情况。
劳动仲裁程序的概述，包括提出仲裁申请、仲裁受理与答辩、开庭与裁决、案件审理与结案、调解与调解书、申请司法救济以及执行调解书和裁决书等环节。该程序旨在为劳动保障当事人提供一种解决劳动争议的法律途径。
