1、犯罪嫌疑人向检察院申请排除非法证据的，按以下情形处理：
(1)人民检察院应当对嫌疑人提供相关线索或者材料进行调查核实，发现侦查人员以刑讯逼供等非法方法收集证据的，应当依法排除相关证据并提出纠正意见。
(2)审查逮捕期限届满前，经审查无法确定存在非法取证的行为，但也不能排除非法取证可能的，该证据不作为批准逮捕的依据
(3)检察官应当根据在案的其他证据认定案件事实和决定是否逮捕，并在作出批准或者不批准逮捕的决定后，继续对可能存在的非法取证行为进行调查核实。
(4)经调查核实确认存在以刑讯逼供等非法方法收集证据情形的，应当向公安机关提出纠正意见。以非法方法收集的证据，不得作为提起公诉的依据。
2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第二百六十五条
1、程序启动。在法庭调查过程中，被告人有权提出其审判前供述是非法取得的意见，并提供相关线索或者证据。
2、法庭初步审查。程序启动后，法庭应当进行审查。合议庭对被告人审判前供述取得的合法性没有疑问的，可以直接对起诉指控的犯罪事实进行调查;对供述取得的合法性有疑问的，则由公诉人对取证的合法性举证。
3、控方证明。公诉人应当向法庭提供讯问笔录、原始的讯问过程录音录像或者其他证据，提请法庭通知讯问时其他在场人员或者其他证人出庭作证，仍不能排除刑讯 逼供嫌疑的，提请法庭通知讯问人员出庭作证，对该供述取得的合法性予以证明。
4、双方质证。公诉人举证后，控辩双方可以就被告人审判前供述的取得是否合法的问题进行质证、辩论。
5、法庭处理。法庭对被告人审判前供述的合法性问题作出裁定：如公诉人的证明达到确实、充分的程度，能够排除被告人审判前供述属非法取得的，法庭确认该供述的合法性，准许当庭宣读、质证;否则，法庭对该供述予以排除，不作为定案的根据。
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