1、车辆营运合作协议纠纷的起诉条件是：
（1）原告跟合作协议纠纷有直接的利害关系。
（2）有明确的被告。
（3）原告写清楚了具体的诉求及合作协议纠纷案的事实和理由。
（4）原告要向被告或合同履行地的法院递交诉讼状。
2、法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条
1、原告起诉。
2、法院受理后将起诉书副本送达被告。
3、被告在十五日内提交答辩状,法院在五日内将答辩状副本送达原告如果被告不提交答辩状,不影响审理。
4、决定开庭审理的案件,法院在三日前通知当事人并公告。
5、法庭调查阶段包括:当事人陈述;告知证人的权利义务，证人作证，宣读未到庭的证人证言;出示书证、物证和视听资料;宣读鉴定结论;宣读勘验笔录。
6、法庭辩论包括:原告及其诉讼代理人发言;被告及其诉讼代理人答辩;第三人及其诉讼代理人发言或者答辩;互相辩论。 法庭辩论终结，由审判长按照原告、被告、第三人的先后顺序征询各方最后意见。
7、法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。
8、判决宣告。
车辆营运合作协议的违约金标准不是法定的。
《中华人民共和国民法典》
第五百八十五条 【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务
在车辆营运合作协议纠纷已经无法协商处理的情况下，只要符合起诉条件，法院收到原告的诉讼状以后都会立案的。可是，如果车辆营运合作协议是有效的，人民法院也要根据协议的约定审理合同纠纷。
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